关于销售伪劣化肥导致损失二百万元，被告人已退赔六十万元的判决问题，需结合具体案情和法律规定进行综合分析，以下为详细解答：

1. 刑事责任方面：

   • 罪名认定：根据《中华人民共和国刑法》第一百四十条，销售伪劣化肥，使生产遭受较大损失的，构成销售伪劣产品罪或生产、销售伪劣化肥罪（具体罪名需根据化肥质量、损失程度等确定）。若损失达二百万元，通常属于“使生产遭受特别重大损失”的情形，可能面临七年以上有期徒刑或无期徒刑，并处罚金或没收财产。
   • 退赔影响：被告人已退赔六十万元，属于认罪悔罪表现，可在量刑时作为从轻情节考虑，但不影响罪名认定。法院会综合退赔金额、损失比例、主观恶性等因素决定是否减轻处罚。

2. 民事赔偿方面：

   • 赔偿范围：根据《中华人民共和国民法典》第一千二百零三条，因产品缺陷造成损害的，被侵权人可要求赔偿损失（包括直接损失和间接损失）。本案中，二百万元损失需经司法鉴定确认与伪劣化肥的因果关系，若成立，被告人应全额赔偿。
   • 退赔与赔偿的关系：已退赔的六十万元可抵扣民事赔偿金额，但若损失经鉴定为二百万元，被告人仍需赔偿剩余一百四十万元。若被告人无力全额赔偿，法院可强制执行其财产（如房产、车辆、存款等）。

3. 量刑与赔偿的关联性：

   • 从轻情节：根据《最高人民法院关于常见犯罪的量刑指导意见》，积极赔偿被害人损失并取得谅解的，可减少基准刑的30%以下。但本案中被告人仅退赔部分金额，且损失巨大，从轻幅度可能有限。
   • 罚金刑：除有期徒刑外，法院可能并处销售金额50%至2倍的罚金（若按伪劣产品罪论处），或根据损失情况确定罚金数额。

4. 程序性建议：

   • 刑事附带民事诉讼：原告可在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，要求赔偿损失，避免单独民事诉讼的繁琐。
   • 司法鉴定：建议委托专业机构对化肥质量、损失因果关系进行鉴定，以固定证据，支持赔偿请求。
   • 财产保全：若担心被告人转移财产，可申请法院冻结其银行账户、查封房产等，确保赔偿执行。

总结：被告人可能面临七年以上有期徒刑及罚金，已退赔的六十万元可抵扣民事赔偿，但剩余一百四十万元仍需赔偿。具体判决需结合化肥质量、损失因果关系、被告人主观恶性等综合认定。建议原告尽快委托律师介入，通过刑事附带民事诉讼维护权益，并申请财产保全确保执行。如有进一步疑问，可直接向我咨询。