社会组织注销后，注册资金的处理方式主要取决于其章程规定以及清算后的剩余财产分配方案，以下是详细说明：

1. 章程有明确规定的
   若社会组织章程中已对注销时注册资金的处理作出明确约定（例如返还给特定捐赠人、转入其他公益项目或指定用途），则应优先按照章程规定执行。这是基于《民法典》中关于法人清算的规定——清算方案需符合章程约定，且不得损害债权人利益。

2. 章程无明确规定或规定无效的
   若章程未约定或约定违反法律强制性规定（如将剩余财产分配给成员），则需按《民法典》第九十五条处理：

   • 清偿债务后仍有剩余：剩余财产应按照法人设立时的宗旨，优先用于公益目的；无法按宗旨使用的，由登记管理机关主持转给宗旨相同或相近的法人，并向社会公告。
     
   • 清算期间财产冻结：在清算结束前，任何单位或个人不得私分、挪用注册资金，否则可能面临行政处罚或刑事责任。

3. 特殊类型社会组织的处理

   • 基金会：根据《基金会管理条例》，注销后剩余财产必须转给宗旨相同或相近的慈善组织，并向社会公告。
     
   • 社会团体/民办非企业单位：若未明确约定，剩余财产需按《民法典》处理，通常优先用于公益目的或转给同类组织。

操作建议：

1. 注销前应召开成员大会或理事会，审议通过清算方案并形成书面决议；
   
2. 委托会计师事务所进行清算审计，确保财产分配合法合规；
   
3. 向登记管理机关提交清算报告，完成注销登记手续。
   

若您对社会组织注销流程或财产分配有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案例为您详细解答。