在交通事故中，如果医药费部分已经由社会道路救助基金支付，而后续涉及到诉讼问题，您可以按照以下步骤来处理：
一、明确诉讼主体与责任
确定责任方：首先，需要明确交通事故的责任划分。这通常由交警部门出具的事故责任认定书来确定。责任方可能是肇事司机、车主或其他相关责任人。
了解救助基金垫付情况：确认社会道路救助基金已经垫付了哪些费用，以及垫付的具体金额。这通常会有相关的垫付凭证或记录。
确定诉讼对象：根据责任划分，确定需要向哪个或哪些责任方提起诉讼。如果肇事车辆有投保交强险或商业险，保险公司也可能成为诉讼对象之一，但需注意，救助基金垫付的费用，保险公司可能不会重复赔偿，而是会向责任方追偿。
二、准备诉讼材料
收集证据：包括事故责任认定书、医疗费发票、诊断证明、病历、救助基金垫付凭证等。这些证据将用于证明您的损失以及救助基金已经垫付的情况。
撰写起诉状：明确诉讼请求，即要求责任方赔偿哪些费用（如医药费中未被救助基金覆盖的部分、误工费、护理费等），并附上相关证据。
三、提起诉讼与庭审
向法院提起诉讼：将起诉状及相关证据提交给有管辖权的法院，并缴纳诉讼费。
参与庭审：在庭审过程中，您需要陈述事实、提供证据，并回答法官和对方当事人的提问。此时，您可以强调救助基金已经垫付的部分费用，并要求责任方赔偿剩余损失。
四、判决与执行
等待法院判决：法院将根据事实和法律规定作出判决，确定责任方应赔偿的金额。
执行判决：如果责任方未在规定期限内履行判决，您可以向法院申请强制执行，要求责任方支付赔偿款。
五、注意事项与建议
保持沟通：在诉讼过程中，与责任方、保险公司以及法院保持及时沟通，了解案件进展情况。
寻求法律帮助：如果案件复杂或涉及金额较大，建议咨询专业律师或法律机构，以获取更专业的法律建议和帮助。
关注救助基金追偿：社会道路救助基金在垫付费用后，有权向责任方追偿。因此，在诉讼过程中，您也需要关注救助基金的追偿情况，确保您的权益不受损害。
综上所述，虽然社会道路救助基金已经垫付了部分医药费，但您仍然有权就剩余损失向责任方提起诉讼。在诉讼过程中，请务必准备充分的证据，明确诉讼请求，并遵循法律程序进行。如有需要，及时寻求法律帮助以确保您的权益得到妥善保障。