处理小车违章被罚100元扣3分的情况，可按以下步骤进行：

1. 确认违章信息
   首先，需通过官方渠道（如交管12123APP、交警部门官网或线下窗口）查询违章详情，确认违章时间、地点、行为及处罚依据是否准确。若对违章事实有异议（如被套牌、证据不足等），可在收到处罚决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。

2. 缴纳罚款

   • 线上处理：通过交管12123APP、支付宝/微信“城市服务”或银行网银，输入处罚决定书编号完成缴费。
     
   • 线下处理：携带驾驶证、行驶证、身份证及处罚决定书，到指定银行或交警队窗口缴纳罚款。
     注意：罚款需在15日内缴纳，逾期会产生每日3%的滞纳金（最高不超过罚款本金），且可能影响车辆年检。

3. 处理扣分

   • 扣分会在违章处理后自动记录到驾驶证上，无需单独操作。
     
   • 若驾驶证已扣满12分，需在15日内参加交管部门组织的7天交通安全教育，并通过科目一考试后才能清分；若拒不参加学习或考试，公安机关将公告停止使用驾驶证。

4. 后续注意事项

   • 定期查询驾驶证记分周期（通常为初次领证日期），一个周期内未满12分的，剩余分数不累积到下一周期。
     
   • 若违章涉及严重交通违法行为（如超速50%以上、酒驾等），可能面临吊销驾照、拘留等更严厉处罚，需及时咨询律师处理。

温馨提示：日常驾驶中建议开启交管12123APP的“违章提醒”功能，及时处理违章避免滞纳金；若对处罚有疑问，可直接向我咨询具体法律流程。