医疗机构与其设立的上级主管公司之间是否为独立法人单位，这主要取决于它们各自的设立方式及法律地位。以下从不同角度进行分析：

1. 若医疗机构为独立法人单位：

   • 在这种情况下，医疗机构通常是根据相关法律法规，如《医疗机构管理条例》等，经过注册登记并取得法人资格的组织。它拥有独立的财产、能够独立承担民事责任，并享有民事权利。
   • 上级主管公司，如果也是依法设立并取得法人资格的企业，那么它与医疗机构之间就是两个独立的法人单位。它们之间可能存在管理、投资等关系，但在法律上，它们是相互独立的，各自承担自己的法律责任。

2. 若医疗机构非独立法人单位：

   • 有些医疗机构可能是上级主管公司的一个分支机构或内部部门，并未取得独立的法人资格。在这种情况下，医疗机构不能独立承担民事责任，其法律责任由上级主管公司承担。
   • 例如，某些大型企业的医院或诊所，可能只是企业内部的医疗服务部门，并未进行独立的法人登记。这时，它们与上级主管公司之间就不是独立法人单位的关系。

法律建议：

• 对于医疗机构和上级主管公司来说，明确各自的法律地位是非常重要的。这有助于确定它们之间的权利义务关系，以及各自在法律上的责任范围。
• 如果医疗机构希望成为独立法人单位，需要按照相关法律法规进行注册登记，并取得法人资格。同时，上级主管公司也需要明确其在医疗机构中的投资或管理角色，以及相应的法律责任。
• 在实际操作中，医疗机构和上级主管公司之间可能会签订一些协议或合同，来明确它们之间的关系和权利义务。这些协议或合同应当符合相关法律法规的规定，并具有法律效力。

可能法律后果：

• 如果医疗机构和上级主管公司之间的法律关系不明确，可能会导致在发生法律纠纷时，无法确定各自的责任范围，从而给双方带来不必要的法律风险。
• 因此，建议医疗机构和上级主管公司在设立和运营过程中，务必明确各自的法律地位和责任范围，并签订相应的协议或合同来加以确认。

综上所述，医疗机构与其设立的上级主管公司之间是否为独立法人单位，取决于它们各自的设立方式及法律地位。在实际操作中，建议双方明确各自的法律地位和责任范围，以避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。