被起诉后钱已还清的情况下，结案证明一般需通过以下流程开具，具体分两种情况处理：

1. 若案件处于法院审理阶段
   需联系案件承办法官或书记员，提交还款凭证（如转账记录、收条、和解协议等），申请法院出具《民事裁定书》或《结案证明》。法院核实还款事实后，会以书面形式确认案件终结，该文书即具有结案证明效力。
   关键点：法院出具的文书具有法定效力，可直接用于解除财产保全、信用修复等场景。

2. 若案件已进入执行阶段
   需向执行法院提交《结案申请书》及还款证明，法院审查后会出具《执行结案通知书》。若涉及失信被执行人名单或限制高消费措施，可同步申请解除。
   特殊情形：若通过调解或自行和解还款，需确保协议经法院确认（如司法确认裁定书），否则可能需补充手续。

操作建议：

• 优先通过法院官方渠道（如12368诉讼服务热线）查询案件进度及承办人联系方式；
  
• 还款凭证需保留原件并复印多份，法院、原告、银行等机构可能均需留存；
  
• 若涉及多个债权人或复杂债务关系，建议同步梳理还款路径，避免因分配问题导致结案障碍。

温馨提示：结案证明的开具不收取费用，但若委托律师代办可能产生代理费。如有具体案件细节需要进一步分析，可直接向我咨询。