工厂封闭管理的合法性需根据具体情况综合判断，涉及员工权益、劳动法规、安全生产及公共卫生等多个方面。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
基于法律法规和政府要求：
- 在面临公共卫生事件（如重大传染病疫情）、自然灾害等紧急状态时，政府部门有权发布指令要求工厂实施封闭管理，以控制局面、保障公共安全和公共利益。此时，工厂按照政府合法指令进行封闭管理是合法的。例如，新冠疫情期间，政府为防止疫情扩散，要求工厂封闭管理，严格限制人员进出，这是有法律依据和正当性的。
基于企业内部管理规定且合理必要：
- 工厂若拥有完善的规章制度，并明确规定在特定情况下（如保障安全生产、防止商业机密泄露等）可实施封闭管理，且该规章制度制定程序合法（如经过民主程序制定、向员工公示等），同时封闭管理措施合理、必要且不侵犯员工合法权益，则此类封闭管理在一定程度上也是合法的。例如，对于生产高度机密军工产品的工厂，出于保密需要而实施的封闭管理，只要保障了员工基本生活等权益，通常是被法律所认可的。
特殊行业要求：
- 在化工、生物科技等有特殊安全要求的行业，封闭管理能防止有害物质外泄，保护员工和周围环境，这种封闭管理通常是合法的。
不合法情形
缺乏法律依据和正当理由：
- 若无政府要求或合理的内部管理需要，工厂随意实施封闭管理限制员工人身自由，则是不合法的。员工享有基本的人身自由权利，工厂不能无故剥夺。例如，工厂仅为了减少管理成本而强制封闭员工，不允许员工在非工作时间离开厂区，这侵犯了员工的人身自由权。
封闭管理措施过度：
- 即使有一定的合理原因实施封闭管理，但若采取的措施过于严苛，严重侵犯员工基本权利（如限制员工就医、与外界正常通讯等），也可能被认定为不合法。例如，员工突发急病时，工厂却以封闭管理为由拒绝其外出就医，导致病情延误，这种行为是违法的。
违反相关法律法规：
- 如果工厂封闭管理的方式不合理，侵犯了员工的合法权益（如没有提供必要的生活设施、工作环境恶劣等），可能违反《劳动法》《劳动合同法》《安全生产法》等相关法律法规。
结论与建议
在确保遵守法律法规、保障员工基本权益的前提下，工厂可以基于合理原因实施封闭管理。若员工认为工厂的封闭管理存在问题，建议先与工厂管理层沟通解决，明确表达自己的诉求和担忧，寻求合理的解决方案；若无法解决，可向当地劳动监察部门、工会等寻求帮助，这些机构可以提供专业的指导和支持，帮助员工维护自己的权益；甚至可以通过法律途径维护自己的权益，如提起劳动仲裁或诉讼等。
作为专业律师，我建议工厂在实施封闭管理时，应充分考虑员工的合法权益，确保管理措施的合法性和合理性。同时，员工也应了解自己的权益，并在必要时寻求法律帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。