若想在涉嫌破坏计算机信息系统案件中尽量不留案底，关键在于争取不被刑事立案或不被法院定罪，以下分情况说明：
- 案件处于调查阶段，争取不立案
- 积极配合调查，说明情况：如果只是被怀疑涉嫌破坏计算机信息系统，但自身并没有实施相关行为，要积极配合公安机关的调查工作，如实陈述事实，提供能够证明自己无罪的证据，如不在场证明、相关系统操作记录等，争取让公安机关认为没有犯罪事实发生或者事实显著轻微，不需要追究刑事责任，从而作出不立案的决定。一旦不立案，就不会进入后续的刑事诉讼程序，也就不会留下案底。
- 争取行政处罚替代：如果行为情节较轻，可能构成违反治安管理的行为，如故意制作、传播计算机病毒等破坏性程序，影响计算机信息系统正常运行，后果尚不严重的，根据《治安管理处罚法》的规定，可能会被处以行政拘留、罚款等行政处罚。虽然行政处罚也会有记录，但这与刑事案底不同，对个人的影响相对较小。此时可以向公安机关说明情况，争取以行政处罚结案。
- 案件已立案，争取不起诉或无罪判决
- 争取不起诉：在案件移送检察机关审查起诉阶段，如果犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察机关可以作出不起诉决定。例如，行为人系初犯、偶犯，主观恶性较小，且具有自首、立功、认罪认罚等情节，同时积极赔偿被害人损失并取得谅解的，检察机关可能会综合考虑这些因素作出不起诉决定。不起诉意味着案件不会进入审判阶段，也就不会留下刑事案底。
- 争取无罪判决：如果经过调查和审理，发现证据不足，不能认定行为人有罪的，法院应当作出无罪判决。在刑事诉讼中，证据是认定犯罪的关键。如果公诉机关提供的证据无法形成完整的证据链，不能排除合理怀疑，那么行为人就有可能被宣告无罪。无罪判决后，行为人不会被认定为有犯罪记录，不会留下案底。
- 案件已判决，争取封存记录（针对特定情况）
- 符合封存条件时申请封存：根据《刑事诉讼法》的规定，犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。如果符合这一条件，可以在符合法律规定的情况下申请封存犯罪记录，减少对个人生活的影响。
需要强调的是，破坏计算机信息系统是一种严重的违法犯罪行为，会对社会秩序和公共利益造成损害。在处理此类案件时，应当遵循法律程序，积极配合司法机关的工作，同时依法维护自己的合法权益。如果有具体的案件情况或疑问，可以直接向我咨询。