结论：二调为耕地但现状为村集体建设用地是否需要缴纳耕地开垦费，需分情况讨论，关键在于用地行为是否符合土地利用总体规划、是否履行了合法审批手续以及是否涉及耕地转为非农建设用地。以下分情况具体说明：

1. 若现状建设用地系合法审批后变更用途
   若该地块在第二次全国土地调查（二调）时登记为耕地，但后续经依法批准（如通过农用地转用审批、集体建设用地审批等程序）变更为村集体建设用地，且符合土地利用总体规划，则无需缴纳耕地开垦费。因为此时用地行为已通过合法程序完成土地用途变更，不属于非法占用耕地。

2. 若现状建设用地系未批先建或违法占用耕地
   若该地块未经合法审批，擅自将二调登记的耕地转为村集体建设用地（如未经批准建厂房、住宅等），则属于违法用地行为。根据《土地管理法》及《耕地占用税暂行条例》等相关规定，需承担以下法律责任：

   • 补缴耕地占用税：若占用耕地从事非农业建设，需按实际占用耕地面积缴纳耕地占用税；
     
   • 缴纳耕地开垦费：若涉及破坏耕地种植条件，还需按省级政府规定的标准缴纳耕地开垦费，用于开垦新耕地以补偿被占用的耕地；
     
   • 行政处罚：可能面临限期拆除、罚款等行政处罚，情节严重者可能承担刑事责任。

3. 若现状建设用地系历史遗留问题或规划调整导致
   若该地块因历史原因（如早期已形成建设用地但未及时更新登记）或土地利用总体规划调整（如将部分耕地规划为建设用地），需结合具体政策处理：

   • 若已纳入规划调整范围并完成合法手续，无需缴纳耕地开垦费；
     
   • 若未完成手续，仍需按违法用地处理，补缴相关费用并接受处罚。

建议：

• 核实该地块的审批文件及土地利用总体规划，确认用地行为是否合法；
  
• 若涉及违法用地，建议尽快补办手续或恢复耕地，以降低法律风险；
  
• 具体费用标准及程序可咨询当地自然资源部门或税务部门。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询。