结论：父母的承包地只确权给小儿子是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若未经过法定程序或全体家庭成员同意，仅确权给小儿子是不合法的。以下从多个角度进行分析：
一、法律背景与原则
农村土地承包经营权确权的原则：
- 农村土地承包经营权确权通常遵循“公平、公正、公开”的原则，确保每个家庭成员的合法权益得到保障。
- 确权过程应依法进行，遵循相关法律法规和政策规定，确保确权结果的合法性和有效性。
家庭承包地的性质：
- 家庭承包地是以家庭为单位承包的，家庭成员共同享有承包经营权。
- 在承包期内，家庭成员对承包地享有平等的权利和义务，除非有特别约定或法律另有规定。
二、具体分析
若确权过程未经法定程序：
- 如果父母在未经其他家庭成员同意或未按照法定程序的情况下，仅将承包地确权给小儿子，这种行为可能违反了农村土地承包经营权确权的原则和程序。
- 其他家庭成员有权提出异议，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
若确权过程经过全体家庭成员同意：
- 如果父母在确权过程中，经过全体家庭成员的协商和同意，仅将承包地确权给小儿子，并且这种安排符合相关法律法规和政策规定，那么这种行为可能是合法的。
- 但需要注意的是，即使经过全体家庭成员同意，也应确保这种安排不会损害其他家庭成员的合法权益，且应符合公序良俗。
特殊情况下的确权：
- 在某些特殊情况下，如小儿子对家庭有特殊贡献、其他家庭成员放弃承包经营权等，父母可能仅将承包地确权给小儿子。
- 但这种情况下，也应确保确权过程合法合规，且其他家庭成员的权益得到妥善保障。
三、法律建议
了解确权程序：
- 在进行农村土地承包经营权确权时，应了解并遵循相关的法律法规和政策规定，确保确权过程的合法性和有效性。
协商与沟通：
- 家庭成员之间应加强协商与沟通，就承包地的确权问题达成共识，避免产生纠纷和矛盾。
寻求法律帮助：
- 如果对确权过程或结果有异议，可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
若确权不合法：
- 如果确权过程违反了相关法律法规和政策规定，其他家庭成员有权提出异议，并可以通过法律途径撤销确权决定。
- 父母或小儿子可能面临法律责任和赔偿义务。
若确权合法但引发纠纷：
- 即使确权过程合法合规，但如果引发家庭纠纷和矛盾，也可能对家庭关系造成负面影响。
- 因此，在进行确权时，应充分考虑家庭成员的意见和利益，确保确权结果的公平性和合理性。
最后，农村土地承包经营权确权是一个复杂而敏感的问题，涉及家庭成员的切身利益。在进行确权时，应遵循相关法律法规和政策规定，确保确权过程的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。