在司法行政领域，程序不正当办案可能会引发一系列严重的后果。以下是对这一问题的详细分析：
案件发回重审：如果办案人员在办案过程中程序违法，这通常会导致案件被发回首审法院重新审理。这意味着原本已经进行的审判流程将需要重新来过，不仅浪费了司法资源，也可能对当事人的权益造成进一步的影响。
内部惩罚：违规的办案人员会在法院内部受到相应的惩罚。这种惩罚可能是行政处分，如警告、记过、记大过等，也可能是更为严重的纪律处分，如降级、撤职甚至开除。
法律依据：根据《人民法院工作人员处分条例》的相关规定，对于故意违背事实和法律枉法裁判的，将给予降级或者撤职处分；情节严重的，甚至会被开除。同样，对于因徇私而违反规定迫使当事人违背真实意愿撤诉、接受调解、达成执行和解协议并损害其利益的，或者故意违反规定拖延办案的，也会根据情节轻重给予相应的处分。
综上所述，程序不正当办案的后果是严重的，不仅会影响案件的公正处理，还可能对办案人员的职业生涯产生负面影响。因此，作为司法工作者，必须严格遵守法定程序，确保案件的公正、高效处理。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。