结论：在起诉离婚分居期间，不能单方面阻止对方进入共同居住的住所，除非存在特殊情况并获得了法律上的支持，如对方存在家庭暴力等违法行为且法院作出了相关禁止令。
分析说明：
共同居住的住所性质：
- 在婚姻关系存续期间，夫妻双方共同居住的住所通常被视为共同财产或共同使用的空间，除非有特别的约定或法律判决。
- 因此，单方面阻止对方进入可能构成对对方居住权的侵犯。
法律上的限制：
- 在没有法律判决或特殊情况下（如家庭暴力等），任何一方都不能单方面剥夺对方的居住权。
- 如果存在家庭暴力等违法行为，受害方可以向法院申请人身安全保护令或居住令，以限制施暴方的接近和进入。
分居期间的权利与义务：
- 分居并不意味着婚姻关系的自动解除，双方仍然享有婚姻法规定的权利和义务。
- 在分居期间，双方应尊重对方的居住权，不得无故干扰或阻止对方进入共同居住的住所。
特殊情况处理：
- 家庭暴力：如果一方存在家庭暴力行为，受害方应立即报警并寻求法律援助。法院可以根据情况作出禁止施暴方接近或进入共同居住住所的判决。
- 其他特殊情况：如一方存在严重精神疾病、传染病等可能危及对方安全的情况，也可以向法院申请相关禁止令。
行动建议：
- 沟通协商：如果双方在分居期间存在居住问题上的分歧，应首先尝试通过沟通协商解决。
- 寻求法律援助：如果沟通无果或存在特殊情况，建议寻求专业律师的法律援助，了解具体的法律程序和权利保护措施。
- 遵守法律判决：如果法院作出了相关判决或禁止令，双方应严格遵守，否则可能面临法律责任。
后续法律后果提示：
- 如果单方面阻止对方进入共同居住的住所且没有法律上的支持，可能构成侵权行为，需要承担相应的法律责任。
- 在分居期间，双方应保持理智和克制，避免采取过激行为导致矛盾升级或法律纠纷。
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