关于法院审理行政诉讼案件申请扣除审限的相关法律规定和依据，主要可以归纳为以下几点：
法律依据：
- 《中华人民共和国行政诉讼法》：该法第八十一条规定，人民法院应当在立案之日起六个月内作出第一审判决。有特殊情况需要延长的，由高级人民法院批准，高级人民法院审理第一审案件需要延长的，由最高人民法院批准。虽然该条款直接规定的是一审判决的期限及延长，但隐含了审限管理的原则，即审限并非绝对不可变，特殊情况下可以延长。
- 《最高人民法院关于严格执行案件审理期限制度的若干规定》：该规定第九条明确指出，下列期间不计入审理、执行期限：……（五）因当事人、诉讼代理人、辩护人申请通知新的证人到庭、调取新的证据、申请重新鉴定或者勘验，法院决定延期审理一个月之内的期间；……（九）民事、行政案件公告、鉴定的期间；……。此外，该规定还提到了因其他特殊情况需要延长审限的情形，需由本院院长批准，并可以延长六个月，还需报请上级人民法院批准的，可以再延长三个月。这些条款为申请扣除审限提供了具体的操作依据。
申请扣除审限的情形：
- 当事人申请延期：如当事人因正当理由申请延期举证、延期开庭等，法院认为合理的，可以扣除相应审限。
- 法院依职权决定延期：如案件涉及复杂事实认定、法律适用问题，或需要等待其他案件的审理结果等，法院可以依职权决定延期审理，并扣除相应审限。
- 特殊情况：如自然灾害、不可抗力等导致审理工作无法正常进行的，法院也可以决定扣除审限。
申请扣除审限的程序：
- 提交申请：当事人或法院认为需要扣除审限的，应向法院提交书面申请，说明扣除审限的理由和期限。
- 法院审查：法院应对申请进行审查，认为理由成立的，应作出扣除审限的裁定，并通知当事人。
- 审批程序：如需延长审限超过一定期限的，还需按照规定报请上级人民法院批准。
注意事项：
- 严格掌握扣除审限的条件：法院应严格掌握扣除审限的条件，避免滥用扣除审限制度，确保案件及时审理。
- 保障当事人诉讼权利：在扣除审限期间，法院应保障当事人的诉讼权利，如及时通知当事人审理进展情况等。
- 及时恢复审理：扣除审限的原因消除后，法院应及时恢复审理，确保案件及时审结。
分析说明：
在行政诉讼案件中，审限的管理对于保障案件及时审理、维护当事人合法权益具有重要意义。申请扣除审限作为审限管理的一种重要方式，其适用条件和程序均有明确规定。法院在审理行政诉讼案件时，应严格遵守相关法律规定，确保审限管理的合法性和合理性。同时，当事人也应了解申请扣除审限的相关规定，以便在必要时维护自己的合法权益。
行动建议：
- 如您作为当事人或代理人，认为案件存在需要扣除审限的情形，应及时向法院提交书面申请，并说明扣除审限的理由和期限。
- 如您对法院扣除审限的决定有异议，可以依法提出复议或申诉等法律救济途径。
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