结论：起诉离婚时，能否申请分割注册资金未出资到账的婚内股权转让款，需分情况讨论，关键在于股权转让款的性质认定及夫妻共同财产的界定。以下为具体分析：

1. 若股权转让款属于夫妻共同财产范畴
   根据《民法典》第1062条，夫妻在婚姻关系存续期间所得的生产、经营、投资的收益，原则上属于夫妻共同财产。若股权虽未实际出资，但转让行为发生在婚姻关系存续期间，且转让款来源于夫妻共同劳动、经营或投资收益（例如：股权虽未实缴，但公司盈利或股权溢价部分属于夫妻共同财产），则转让款可能被认定为夫妻共同财产，离婚时可主张分割。
   关键点：需证明转让款与夫妻共同财产的关联性（如公司盈利来源、股权增值原因等），若仅因未出资而否定其财产属性，可能缺乏法律依据。

2. 若股权转让款属于个人财产范畴
   若股权转让款来源于一方婚前个人财产（例如：婚前已实缴的股权，婚后未参与经营，转让款仅因市场波动增值），或明确约定为个人财产（如婚前协议、赠与合同中约定归一方所有），则可能被认定为个人财产，离婚时另一方无权分割。
   例外情形：若未出资的股权系婚后以夫妻共同财产认缴（例如：婚后用共同财产支付股权认购款，但未实际缴纳），则股权本身可能属于夫妻共同财产，转让款亦需分割。

3. 未实际出资对股权转让款分割的影响
   未出资本身不直接决定股权转让款的归属，但可能影响股权价值的认定。例如：

   • 若股权因未出资被公司或其他股东追责（如要求补缴出资、承担违约责任），转让款可能需先扣除相关债务后，再分割剩余部分；
     
   • 若转让款已包含对未出资风险的补偿（如买方要求降低转让价以覆盖未出资风险），则需结合转让协议内容，判断实际可分割的财产范围。

实务建议：

• 收集证据：包括股权转让协议、公司章程、出资记录、婚姻期间财产往来明细等，证明转让款与夫妻共同财产的关联性；
  
• 协商优先：若双方对股权价值无争议，可协商分割比例，避免诉讼成本；
  
• 诉讼策略：若协商不成，可申请法院委托评估机构对股权价值进行鉴定，或主张按出资比例、贡献度等合理分配转让款。
  

如有进一步疑问（如具体证据收集、协议审查等），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细方案。