结论前置：虚开发票且涉及虚假付款的行为，一旦被发现并认定，相关责任人将面临包括罚款、没收违法所得乃至刑事处罚在内的严厉法律制裁。具体是否没收违法所得，需根据虚开发票的具体情节、造成的后果以及相关法律法规的规定来综合判断。
一、虚开发票的判定与虚假付款的关系
虚开发票的判定主要基于发票内容与实际交易情况是否一致，包括商品或服务信息、金额、交易主体等方面。而虚假付款，作为虚开发票行为中的一个环节，通常指的是在无真实交易或交易金额不符的情况下，通过虚构付款行为来配合虚开发票，以达到骗取税收优惠、出口退税或抵扣税款等目的。这种行为严重破坏了税收征管秩序，损害了国家税收利益。
二、虚开发票及虚假付款的法律责任
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，虚开发票的行为将受到税务机关的严厉处罚，包括但不限于罚款、没收违法所得等。
- 虚假付款作为虚开发票的一部分，同样会受到相应的行政处罚。税务机关在查处虚开发票案件时，会一并调查虚假付款的情况，并根据违法情节的轻重给予相应的处罚。
刑事处罚：
- 若虚开发票的行为构成犯罪，如虚开增值税专用发票罪或虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票罪，相关责任人将面临刑事处罚。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开发票的犯罪行为将受到有期徒刑、拘役、罚金乃至没收财产等严厉处罚。其中，对于虚开的税款数额巨大或有其他特别严重情节的，甚至可能面临无期徒刑的处罚。
- 在涉及虚假付款的情况下，如果虚假付款行为被认定为虚开发票犯罪的一部分，那么相关责任人同样将受到刑事处罚。
三、是否没收违法所得的判断
违法所得的认定：
- 违法所得通常指的是通过违法行为所获得的利益。在虚开发票及虚假付款的案件中，违法所得可能包括虚开的税款、骗取的税收优惠或出口退税等。
没收违法所得的条件：
- 根据相关法律法规的规定，对于虚开发票及虚假付款等违法行为，税务机关或司法机关在查处时，有权没收违法所得。
- 没收违法所得的具体条件包括：违法行为已经成立、违法所得确实存在、违法所得与违法行为之间存在直接因果关系等。
实际操作中的考虑因素：
- 在实际操作中，税务机关或司法机关在判断是否没收违法所得时，会综合考虑违法行为的情节、造成的后果、违法所得的数额以及违法人的主观恶性等因素。
- 如果虚开发票及虚假付款的行为情节严重、造成的后果恶劣、违法所得数额巨大或违法人主观恶性较大，那么更有可能被判处没收违法所得。
四、建议与提醒
- 严格遵守税收法律法规：企业和个人在商业交易中应严格遵守相关税收法律法规，确保发票的真实性和合法性，避免涉及虚开发票及虚假付款等违法行为。
- 加强内部管理：企业应建立健全内部管理制度，加强对发票开具、资金流转等环节的监控和管理，防止内部人员利用职务之便进行虚开发票及虚假付款等违法行为。
- 及时咨询专业律师：如果涉及虚开发票及虚假付款等法律问题，建议及时咨询专业律师，了解相关法律法规的规定和处罚措施，以便及时采取措施维护自身合法权益。
总之，虚开发票且涉及虚假付款的行为将受到严厉的法律制裁。企业和个人应严格遵守相关法律法规，确保商业交易的合法性和合规性。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。