结论：在原配起诉小三要求返还四万，最终法院判决返还三千的案件中，无法直接判断谁“赢了”案子，因为这取决于原配的诉讼请求是否得到法院的全部或部分支持，以及双方的具体诉求和案件事实。以下从不同角度进行分析：
从诉讼请求实现程度角度：
- 如果原配的诉讼请求是要求小三返还全部四万元，而法院最终只判决返还三千元，那么从诉讼请求的实现程度来看，原配并未完全达到其诉讼目的，可以认为原配在某种程度上“输了”部分诉求。但这并不意味着原配在整个案件中完全失败，因为法院仍然支持了其部分诉求。
- 对于小三而言，如果其原本预期不需要返还任何款项，而法院判决其需要返还三千元，那么小三也并未完全“赢”得案件，而是承担了部分法律责任。
从法律责任承担角度：
- 法院判决小三返还三千元，意味着小三确实存在需要承担法律责任的情况，即其可能非法获取了原配的财产或利益。从这个角度来看，小三并未完全“赢”得案件，而是需要承担一定的法律后果。
- 原配通过法律途径成功追回了部分财产，虽然未达到全部预期，但也体现了法律对其权益的保护。
从案件具体事实和证据角度：
- 法院的判决是基于案件的具体事实和证据作出的。如果原配提供的证据不足以支持其要求返还全部四万元的诉讼请求，或者法院认为部分款项与小三无关或存在其他合法理由不应返还，那么法院可能会作出相应的判决。
- 因此，案件的判决结果也反映了法院对案件事实和证据的认定情况。
法律背景与建议：
- 在此类案件中，原配需要提供充分的证据证明小三非法获取了其财产或利益，以及具体的金额和事实情况。
- 如果原配对法院的判决结果不服，可以在法定期限内提起上诉，要求上级法院重新审理案件。
- 对于小三而言，如果其认为法院的判决存在错误或不合理之处，同样可以在法定期限内提起上诉或申请再审。
可能法律后果：
- 如果原配或小三未在法定期限内提起上诉或申请再审，那么法院的判决将生效，双方需要按照判决结果履行相应的法律义务。
- 如果一方不履行判决结果，另一方可以申请法院强制执行，以维护自己的合法权益。
综上所述，无法直接判断谁“赢了”案子，因为这取决于多个因素的综合考量。如果有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。