结论：开车超时几分钟被罚款200元并扣6分是否合法，需结合具体超时情形和交通法规综合判断，以下分情况说明：

1. 若“超时”指超速行驶
   根据《道路交通安全法》第90条及《道路交通安全违法行为记分管理办法》（公安部令第163号），超速处罚与具体时速和路段相关：

   • 普通道路：超速20%-50%的，罚款200元、记6分；超速50%以上的，罚款200-2000元、记12分。
     
   • 高速公路/城市快速路：超速20%以上未达50%的，罚款200元、记6分；超速50%以上的，罚款200-2000元、记12分。
     关键点：若“超时几分钟”实际指超速行驶且达到上述比例，处罚合法；若未达比例（如仅超速5%），则处罚不合法。

2. 若“超时”指违反限行规定（如货车限时通行）
   部分城市对货车、危化品运输车等实施限时通行政策（如早7-9点、晚5-7点禁行）。若在禁行时段内行驶，即使仅超时几分钟，也可能被认定为“违反禁令标志指示”，依据《道路交通安全法》第90条，罚款200元、记3分（部分地区可能记6分，需结合地方规定）。
   关键点：需核实当地限行政策及处罚标准，若地方规定此类行为记6分，则处罚合法。

3. 若“超时”指停车超时（如临时停车）
   临时停车通常允许3-5分钟（具体以当地规定为准），超时可能被认定为“违法停车”。根据《道路交通安全法》第93条，违法停车可处20-200元罚款，但一般不扣分。若被扣6分，可能因同时存在其他违法行为（如占用消防通道、公交站台等），需结合具体场景判断。
   关键点：单纯停车超时几分钟通常不扣分，若扣6分需核实是否伴随其他违法行为。

建议行动：

1. 核对处罚决定书上的“违法行为代码”（如1344、1625等），通过交管部门官网或APP查询具体违法情形；
   
2. 若认为处罚不当，可在收到决定书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼；
   
3. 日常驾驶中注意观察路侧限速、限行标志，避免因疏忽导致违法。
   

如有其他细节需补充（如具体路段、车辆类型等），可进一步向我说明，我会结合具体情形为您分析。