超过法院指定的举证期限后，一般是不可以提出反诉的，但存在例外情况。以下是对这一问题的详细分析：

一、反诉提出的一般规定

根据《民事诉讼法》及相关司法解释，反诉应当在案件受理后、法庭辩论终结前提出。举证期限是法院指定的当事人提交证据的期限，它通常早于法庭辩论终结的时间。因此，在一般情况下，反诉应当在举证期限届满前提出，以确保案件的顺利进行和诉讼效率。

二、超过举证期限提出反诉的例外情况

尽管举证期限届满后提出反诉在一般情况下是不被允许的，但如果法院认为反诉的提出不影响案件的正常审理，且反诉与本诉之间存在牵连关系，法院仍可能予以受理。这主要取决于法院对案件具体情况的判断和裁量。

三、超过举证期限提出反诉的法律后果

1. 如果法院不予受理：

   • 反诉原告将失去通过反诉方式在本诉中一并解决相关争议的机会。
   • 反诉原告可能需要另行提起诉讼，这将增加诉讼成本和时间成本。

2. 如果法院予以受理：

   • 反诉将与本诉合并审理，有助于查明案件事实、提高诉讼效率。
   • 反诉原告和反诉被告将有机会在同一个诉讼程序中陈述自己的主张和进行辩论。

四、建议与注意事项

1. 及时提出反诉：

   • 为了避免不必要的麻烦和诉讼成本，建议在举证期限届满前提出反诉。
   • 如果确实需要超过举证期限提出反诉，应尽早与法院沟通，说明反诉的必要性和与本诉的牵连关系。

2. 准备充分的证据：

   • 无论何时提出反诉，都需要准备充分的证据来支持自己的主张。
   • 证据的充分性和合法性将直接影响反诉的成败。

3. 咨询专业律师：

   • 在提出反诉前，建议咨询专业律师，了解反诉的法律规定和诉讼策略。
   • 律师可以根据案件的具体情况，为你提供专业的法律意见和帮助。

举例说明：假设在一个合同纠纷案件中，原告起诉被告要求支付货款，被告在举证期限届满后才发现原告也存在违约行为，且该违约行为与被告的抗辩和反诉请求密切相关。在这种情况下，被告可以向法院提出反诉，请求原告承担违约责任。如果法院认为反诉的提出不影响案件的正常审理，且反诉与本诉之间存在牵连关系，法院可能会予以受理。

总结来说，虽然超过法院指定的举证期限后提出反诉在一般情况下是不被允许的，但存在例外情况。为了确保反诉的顺利进行和诉讼效率，建议在举证期限届满前提出反诉，并准备充分的证据来支持自己的主张。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。