未成年人在学校打了同学被起诉是否会留档，这主要取决于打人行为的严重程度、法律程序的处理结果以及未成年人的年龄。以下是对此问题的详细分析：
打人行为未构成犯罪（轻微伤害或治安案件）
- 如果未成年人在学校打人仅造成轻微伤害，通常此类事件会被视为治安案件处理。
- 对于不满14周岁的未成年人，依照法律规定不予处罚，但会责令其监护人严加管教，这种情况不会留下案底。
- 已满14周岁不满18周岁的未成年人，可能会面临从轻或减轻的行政处罚（如警告、罚款等），虽然会有相关违法记录，但这些记录会被严格封存，一般情况下不会对未成年人产生公开的负面影响，也即不会形成通常意义上的“案底”。
打人行为构成犯罪（轻伤或以上，刑事案件）
- 如果打人行为造成轻伤或轻伤以上，就构成了刑事案件。
- 在这种情况下，未成年人可能会面临法律追究，一旦经过法院审判并定罪，就会留下案底。但根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，犯罪时不满18周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。这意味着，虽然案底存在，但会被严格保密，不会随意公开。
- 如果犯罪情节严重，被判处超过五年有期徒刑，虽然犯罪记录不会被封存，但也会遵循严格的保密和限制公开的制度，以尽量减少对未成年人未来的影响。
特殊年龄段的处理方式：
- 未满十四周岁：不会受到治安管理处罚法的处罚，但应责令其监护人严加管教。如行为导致他人受伤，需由监护人承担相应的民事责任，如赔偿医疗费用等。
- 已满十四周岁但未满十八周岁：对于轻微的打架斗殴，可能会面临从轻或减轻的行政处罚。如果行为构成犯罪，如故意伤害致人重伤或死亡，需要承担刑事责任，但因为是未成年人，会从轻或者减轻处罚。同时，符合条件的犯罪记录将被封存。
建议与提醒：
- 家长和教育工作者应加强对未成年人的法治教育，引导他们正确处理人际关系，避免发生打斗事件。
- 如果未成年人已经涉及法律纠纷，家长应积极配合司法机关的工作，为未成年人提供必要的法律帮助和心理支持。
- 如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。