关于商业合同三年没有履行完是否可以退保证金的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据合同的具体条款、双方履行情况以及相关法律法规来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 合同条款的约定：

   • 首先，你需要仔细审查商业合同中关于保证金的条款。合同中可能会明确规定，在何种情况下保证金可以退还，比如合同正常履行完毕、合同提前终止且双方无争议等。
   • 如果合同中有明确约定，且当前情况符合退还保证金的条件，那么你可以依据合同条款要求对方退还保证金。

2. 合同履行情况：

   • 其次，要考虑合同的履行情况。如果合同已经履行了大部分，只是由于某些特殊原因（如不可抗力、对方违约等）导致剩余部分无法履行，那么是否退还保证金可能需要根据双方协商或合同中的相关条款来确定。
   • 如果合同完全未履行或履行极少，且原因在于对方，那么你可能有权要求对方退还保证金，并可能要求对方承担违约责任。

3. 相关法律法规：

   • 在没有合同明确约定或合同约定不明确的情况下，你需要参考相关法律法规。例如，《中华人民共和国民法典》中关于合同履行、违约责任等规定，可能会为你提供一些指导。
   • 一般来说，如果合同因对方原因无法继续履行，且你无过错，那么你有权要求对方退还保证金，并可能要求赔偿因此造成的损失。

4. 实际操作建议：

   • 与对方协商：首先，我建议你与对方进行友好协商，明确双方的权利和义务，尝试达成退还保证金的协议。
   • 发送律师函：如果协商无果，你可以考虑委托律师发送律师函，正式要求对方退还保证金，并可能提出进一步的法律诉求。
   • 提起诉讼：如果对方仍然拒绝退还保证金，且你认为自己的权益受到了侵害，那么你可以考虑向法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的权益。

在处理此类问题时，你需要注意以下几点：

• 保留好所有与合同相关的证据，如合同文本、付款凭证、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
• 及时咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律风险，以便做出明智的决策。

最后，我想强调的是，每个合同纠纷案件都有其独特性，因此上述分析仅供参考。如果你有具体的合同纠纷问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律意见。