法院判决中，若认可证据的“三性”（即真实性、合法性、关联性），但不认可其证明目的，是应当说明理由的。以下从多个角度对此问题进行分析：

一、法律程序与判决公正性的要求

在法律程序中，法院的判决应当基于充分的事实和法律依据，确保判决的公正性和合理性。当法院认可证据的“三性”时，意味着该证据在形式上和实质上都是合法、真实且与案件相关的。然而，证据的证明目的，即该证据试图证明的具体事实或法律关系，是法院在判决中需要重点审查的内容。如果法院不认可证据的证明目的，那么为了保障当事人的合法权益和判决的公正性，法院有义务说明不认可的理由。这样，当事人才能了解法院的判决依据，进而判断是否需要上诉或采取其他法律措施。

二、当事人知情权与辩论权的保障

当事人有权知道法院为何不认可其证据的证明目的。这是当事人知情权的重要体现。同时，当事人也有权在法庭上进行辩论，就证据的证明目的进行阐述和反驳。如果法院不说明不认可的理由，那么当事人的辩论权将受到限制，无法充分行使自己的诉讼权利。因此，从保障当事人知情权和辩论权的角度出发，法院也应当说明不认可证据证明目的的理由。

三、法律文书的说理性要求

法律文书，包括判决书，应当具有充分的说理性。这意味着法院在判决中应当详细阐述其认定事实和适用法律的依据和理由。对于证据的证明目的，如果法院不认可，那么应当在判决书中明确说明不认可的原因和依据。这样，不仅有助于当事人理解判决内容，也有助于提高法律文书的权威性和公信力。

四、实际操作中的建议

1. 仔细审查判决书：当收到判决书时，当事人应仔细审查法院对证据“三性”和证明目的的认定。如果法院认可了证据的“三性”但不认可其证明目的，且未说明理由，当事人可以及时向法院提出异议或上诉。
2. 准备充分的辩论材料：在法庭审理过程中，当事人应准备充分的辩论材料，就证据的证明目的进行阐述和反驳。这样，即使法院最终不认可其证明目的，当事人也能确保自己的诉讼权利得到充分行使。
3. 寻求专业法律帮助：如果当事人对法院的判决有疑问或不满，可以寻求专业律师的帮助。律师可以协助当事人分析判决内容，提供法律意见和建议，帮助当事人维护自己的合法权益。

总结来说，法院判决中认可证据的“三性”但不认可其证明目的时，是应当说明理由的。这既是法律程序与判决公正性的要求，也是保障当事人知情权与辩论权的需要，同时符合法律文书的说理性要求。如果当事人对此有疑问或不满，可以及时向法院提出异议或上诉，并寻求专业律师的帮助。