针对您提出的“保证金如果缴纳了但未上传到指定位置是否会废标”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，在政府采购或招标活动中，保证金的缴纳和上传是两个关键环节。缴纳保证金是供应商对参与投标的一种承诺，而上传保证金的相关证明或信息则是为了证明供应商已经按照招标文件的要求完成了保证金的缴纳。

关于保证金的缴纳：

• 根据《政府采购法实施条例》等相关法律法规，招标文件会明确要求投标人提交投标保证金，并规定保证金的金额、缴纳方式和截止时间。
• 投标人需要按照招标文件的要求，以支票、汇票、本票或者金融机构、担保机构出具的保函等非现金形式提交投标保证金。

关于保证金的上传：

• 缴纳保证金后，供应商通常需要将保证金的缴纳证明或相关信息上传到指定的位置或系统，以便招标人或代理机构进行核实。
• 如果供应商未按照要求上传保证金的相关信息，那么在资格审查环节，招标人或代理机构可能无法查看到供应商的保证金缴纳情况。

关于是否会废标：

• 如果供应商已经按照招标文件的要求缴纳了保证金，但未上传到指定位置，这确实可能导致在资格审查时无法确认其保证金缴纳情况。
• 在这种情况下，如果招标文件或相关法律法规明确规定了未上传保证金信息将视为无效投标或废标，那么供应商的投标可能会被判定为无效。
• 然而，如果招标文件或相关法律法规并未明确规定此情况下的处理方式，或者供应商能够在后续环节（如开标后、评标前）提供有效的保证金缴纳证明，那么其投标可能仍然有效。

建议：

• 为了避免因未上传保证金信息而导致的废标风险，供应商应严格按照招标文件的要求，在缴纳保证金后及时上传相关证明或信息。
• 同时，供应商也应充分考虑保证金到账和上传的时间，尽早完成相关操作，以确保在投标截止时间前完成所有要求。

综上所述，保证金如果缴纳了但未上传到指定位置，确实存在废标的风险。因此，供应商应务必按照招标文件的要求，认真完成保证金的缴纳和上传工作。