结论前置：
- 在基本农田上种植苗木一般是违法的，除非经过特殊审批进行农业结构调整。
- 签订的相关合同可能因违法而无效或部分无效，具体需结合合同内容及实际情况判断。
详细分析：
一、在基本农田上种植苗木的违法性
根据我国《中华人民共和国土地管理法》及《基本农田保护条例》的相关规定，基本农田是受到特殊保护的耕地，其耕作性质和用途不得擅自改变。特别是《土地管理法》第三十七条明确规定：“禁止占用永久基本农田发展林果业”，这一规定直接指出了在基本农田上种树（包括种植苗木）的行为是违法的。
违法原因：
- 破坏耕地耕作层：苗木的生长需要较深的根系，这会严重破坏基本农田的耕作层，导致土壤结构恶化，影响土壤的保水保肥能力，进而使原本适合农作物种植的优质耕地逐渐失去耕种条件。
- 改变土地用途：基本农田的主要用途是进行粮食等农作物的种植，以保障国家的粮食安全。种植苗木显然属于发展林果业，这明显改变了基本农田的农业用途，违反了土地利用的相关规定。
二、签订的合同效力
关于在基本农田上种植苗木所签订的合同效力，这主要取决于合同的具体内容以及是否违反了法律法规的强制性规定。
如果合同明确约定在基本农田上种植苗木：
- 由于该行为违反了《土地管理法》的强制性规定，因此合同可能因违法而无效。根据《民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。
如果合同未明确约定土地用途，但实际履行中在基本农田上种植了苗木：
- 这种情况下，合同本身可能并不直接无效，但实际履行行为违法。如果一方因此遭受损失，可能可以根据合同法的相关规定要求违约方承担违约责任或赔偿损失。然而，由于实际履行行为违法，相关行政部门仍有权对违法行为进行处罚，并要求恢复土地原状。
特殊情况：
- 如果种植苗木的行为经过了相关部门的特殊审批，属于合理的农业结构调整，那么在这种情况下签订的合同可能是有效的。但这种情况较为特殊，需要严格的审批程序和条件。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果在基本农田上擅自种植苗木，相关部门有权要求恢复原状、退还基本农田，并可能面临罚款等处罚。
- 如果因此签订了合同，合同可能因违法而无效或部分无效，导致合同双方无法按照原约定履行义务，并可能因此产生纠纷。
建议：
- 严格遵守相关法律法规，不要擅自在基本农田上种植苗木。
- 如有需要进行农业结构调整或植树造林的项目，应事先咨询相关部门并办理审批手续，确保行为的合法性。
- 在签订合同时，应明确约定土地用途和双方的权利义务，避免因违法而导致的合同无效或纠纷。
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