《全民所有制工业企业法》废止后，原企业将依据现行有效的法律法规进行转型、调整或继续运营，具体处理方式取决于企业实际情况及后续选择。以下是详细分析：

1. 法律废止的背景与影响
   《全民所有制工业企业法》于2009年8月27日被《企业国有资产法》及后续相关法规（如《公司法》《民法典》等）替代，其核心原则（如保障国有资产权益、规范企业治理）已融入现行法律体系。废止后，原企业不再受该法直接约束，但需遵守其他现行法律。

2. 原企业的转型路径

   • 改制为公司制企业：
     若原企业希望建立现代企业制度，可依据《公司法》改制为有限责任公司或股份有限公司。改制需完成清产核资、产权界定、职工安置等程序，并办理工商变更登记。改制后，企业以全部法人财产自主经营，国有资产出资人按股权比例行使权利。
     
   • 保持全民所有制性质（需符合现行规定）：
     若企业未改制，仍需遵守《企业国有资产法》《民法典》中关于国有企业管理的规定，如国有资产转让需履行评估、审批程序，重大事项需报国有资产监督管理机构批准等。但需注意，现行法律对“全民所有制企业”的界定已弱化，实践中更强调“国有独资公司”或“国有控股公司”形式。
     
   • 清算注销：
     若企业因经营不善或其他原因决定终止，需依据《公司法》或《企业破产法》进行清算。清算组需清理债权债务、分配剩余财产，并办理注销登记。国有资产处置需经国有资产监督管理机构审核。

3. 职工权益保障

   • 劳动合同延续：
     根据《劳动合同法》，企业改制或合并时，原劳动合同继续有效，由承继权利义务的用人单位继续履行。若企业注销，需依法支付经济补偿金。
     
   • 社会保障衔接：
     企业需确保职工养老保险、医疗保险等社会保障关系顺利转移或接续，避免因法律废止导致权益受损。

4. 实务建议

   • 评估企业现状：
     结合资产规模、负债情况、职工人数等因素，选择最适合的转型路径。例如，资产优质、管理规范的企业可优先改制为公司制；负债过高、经营困难的企业可考虑清算。
     
   • 履行法定程序：
     无论选择何种路径，均需严格遵守现行法律规定的程序，如职工代表大会审议、国有资产评估备案、工商变更登记等，避免因程序瑕疵引发纠纷。
     
   • 咨询专业机构：
     企业可委托律师事务所、会计师事务所协助完成改制、清算等复杂程序，确保合规性。

总结：《全民所有制工业企业法》废止后，原企业需根据自身情况选择转型路径，并严格遵守现行法律。若您有具体企业案例或进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合实际情况提供详细方案。