结论：在劳动仲裁中，若公司有明确的严重违纪开除制度，该制度仍然适用，但需满足一定条件。

详细分析：

1. 制度的有效性：

   • 首先，公司制定的严重违纪开除制度必须合法有效。这要求制度内容不违反国家法律法规的强制性规定，且制定过程符合民主程序（如经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定等），并已向劳动者公示或告知。
   • 若制度合法有效，则公司可以依据该制度对严重违纪的劳动者进行开除处理。

2. 违纪事实的认定：

   • 公司需有充分证据证明劳动者存在严重违纪行为。这包括但不限于监控录像、证人证言、书面记录等。
   • 违纪事实的认定应客观、公正，避免主观臆断或片面之词。

3. 制度与违纪行为的匹配性：

   • 公司依据制度开除劳动者时，需确保违纪行为与制度中规定的开除情形相匹配。即，劳动者的违纪行为必须达到制度中规定的“严重”程度，才能作为开除的依据。
   • 若制度中未明确规定某种违纪行为为开除情形，或规定不明确，则公司不能仅凭该制度对劳动者进行开除处理。

4. 劳动仲裁中的审查：

   • 在劳动仲裁过程中，仲裁庭会对公司制定的制度、劳动者的违纪事实以及两者之间的匹配性进行全面审查。
   • 若仲裁庭认为公司制定的制度合法有效，且劳动者的违纪行为确实达到制度中规定的开除情形，则会支持公司的开除决定。
   • 若仲裁庭认为公司制定的制度存在违法情形，或劳动者的违纪行为未达到制度中规定的开除情形，则可能会撤销公司的开除决定，并要求公司承担相应的法律责任。

建议：

• 对于公司而言，应确保制定的严重违纪开除制度合法有效，并明确规定各种违纪行为及其对应的处理措施。同时，在处理劳动者违纪行为时，应确保有充分证据支持，并遵循公平、公正、公开的原则。
• 对于劳动者而言，应了解并遵守公司的规章制度，避免违纪行为的发生。若对公司开除决定有异议，可及时向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自己的合法权益。

可能后果：

• 若公司依据合法有效的制度对严重违纪的劳动者进行开除处理，且得到劳动仲裁机构的支持，则劳动者将失去工作，并可能面临其他法律责任（如赔偿公司损失等）。
• 若公司制定的制度存在违法情形，或劳动者的违纪行为未达到制度中规定的开除情形，则公司的开除决定可能会被撤销，并需承担相应的法律责任（如支付赔偿金、恢复劳动关系等）。

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