农村自然水源被私用是否违法，需根据具体情况判断，但通常而言，未经许可私自占用或破坏农村自然水源及其相关设施是违法的。以下从多个角度进行分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国水法》相关规定

   • 第七条：国家保护水资源，实行取水许可和有偿使用制度。但农村集体经济组织及其成员使用本集体经济组织的水塘、水库中的水除外。然而，这并不意味着可以随意占用或破坏自然水源及其相关设施，如水渠、河流等。
   • 第三十七条：禁止在江河、湖泊、水库、运河、渠道内弃置、堆放阻碍行洪的物体和种植阻碍行洪的林木及高秆作物。这一规定同样适用于农村自然水源及其相关设施，任何单位和个人不得擅自占用或破坏。
   • 第六十六条：对于侵占、毁坏水工程及堤防、护岸等有关设施的行为，县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构有权责令停止违法行为，限期清除障碍或者采取其他补救措施，并处以一万元以上五万元以下的罚款。

2. 《中华人民共和国刑法》相关规定

   • 第二百七十六条：由于泄愤报复或者其他个人目的，毁坏机器设备、残害耕畜或者以其他方法破坏生产经营的，构成破坏生产经营罪。如果私人占用并破坏自然水源及其相关设施，导致农业生产受到严重影响，可能构成此罪。

二、违法行为的后果

1. 行政责任

   • 根据《中华人民共和国水法》第六十六条的规定，对于侵占、毁坏水工程及堤防、护岸等有关设施的行为，县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构有权责令停止违法行为，采取补救措施，并处以罚款。

2. 刑事责任

   • 如果私人占用并破坏自然水源及其相关设施的行为情节严重，造成重大损失或影响，可能触犯刑法中的相关罪名，如破坏生产经营罪等，将面临刑事处罚。

3. 民事责任

   • 私人占用自然水源及其相关设施还可能对周边农户或集体造成经济损失。受损方有权要求侵权人承担民事赔偿责任，包括修复水源设施、赔偿因水源被占用导致的农作物减产等损失。

三、具体情形分析

1. 如果私用行为未影响他人权益

   • 即使农村集体经济组织及其成员使用本集体经济组织的水塘、水库中的水，也需确保不损害其他成员或集体的合法权益。如果私用行为未影响他人权益，可能不构成违法，但一旦超出合理使用范围，就可能面临法律责任。

2. 如果私用行为影响他人权益或破坏水源设施

   • 如果私用行为导致水源减少、水质恶化或破坏水源设施，影响其他农户或集体的正常用水和农业生产，那么这种行为就是违法的，将面临行政责任、刑事责任或民事责任的追究。

四、建议

1. 遵守法律法规

   • 农村集体经济组织及其成员在使用自然水源时，应严格遵守相关法律法规，确保合理使用，不损害他人权益。

2. 协商解决

   • 如果因水源使用问题产生纠纷，建议通过协商、调解等方式解决，避免矛盾升级。

3. 寻求法律帮助

   • 如果无法协商解决，或认为自身权益受到侵害，可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自身权益。

综上所述，农村自然水源被私用是否违法需根据具体情况判断。但无论如何，都应遵守相关法律法规，确保合理使用水源，不损害他人权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。