结论：在双方协商就实际支付判决赔偿比法院判决书少的情况达成一致时，协议应明确赔偿金额、支付方式、支付时间、违约责任等关键条款，以确保协议的法律效力和可执行性。以下是一份协商协议的示例框架及关键条款说明：

协商协议示例框架

甲方（赔偿义务人）： 姓名/名称：__________ 身份证号/统一社会信用代码：__________ 联系方式：__________

乙方（赔偿权利人）： 姓名/名称：__________ 身份证号/统一社会信用代码：__________ 联系方式：__________

鉴于：

1. 甲方与乙方之间存在合同纠纷，法院已作出判决，判决甲方应向乙方支付赔偿金人民币___元（大写：___元整）。
2. 双方经友好协商，就甲方实际支付赔偿金金额达成一致，甲方同意实际支付乙方赔偿金人民币___元（大写：___元整），该金额低于法院判决金额，乙方对此表示接受。

现双方根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，就赔偿事宜达成如下协议：

一、赔偿金额及支付方式

1. 赔偿金额：甲方同意实际支付乙方赔偿金人民币___元（大写：___元整）。
2. 支付方式：甲方应通过______（如银行转账、现金等）方式向乙方支付上述赔偿金。
3. 支付时间：甲方应于___年月___日前将上述赔偿金支付至乙方指定账户。

二、违约责任

1. 若甲方未按照本协议约定的时间、金额支付赔偿金，乙方有权要求甲方按照法院判决金额支付赔偿金，并有权要求甲方支付逾期付款利息（按照中国人民银行同期贷款利率计算）。
2. 若乙方违反本协议约定，如拒绝接受甲方支付的赔偿金或提出额外要求，甲方有权要求乙方返还已支付的赔偿金，并有权要求乙方承担因此产生的所有费用（包括但不限于律师费、诉讼费等）。

三、争议解决

因本协议引起的或与本协议有关的任何争议，双方应首先通过友好协商解决；协商不成的，任何一方均有权向有管辖权的人民法院提起诉讼。

四、其他条款

1. 本协议自双方签字（或盖章）之日起生效。
2. 本协议一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。

甲方（签字/盖章）：__________ 日期：___年月___日

乙方（签字/盖章）：__________ 日期：___年月___日

关键条款说明

1. 赔偿金额及支付方式：明确双方协商后的实际赔偿金额、支付方式及支付时间，这是协议的核心内容。
2. 违约责任：规定若一方未按照协议约定履行义务，应承担的违约责任，包括支付逾期付款利息、返还已支付款项及承担额外费用等，以确保协议的履行。
3. 争议解决：约定因协议引起的或与协议有关的任何争议的解决方式，通常包括友好协商和诉讼两种方式。
4. 其他条款：包括协议的生效条件、份数及法律效力等，确保协议的合法性和有效性。

建议：

1. 在签订协议前，双方应充分沟通，确保对协议内容无异议。
2. 协议应由双方签字（或盖章）确认，并保留好协议原件。
3. 若涉及金额较大或情况复杂，建议咨询专业律师，以确保协议的法律效力和可执行性。

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