核心结论：当公章被法人控制，大股东可采取以下措施维护自身权益，具体需结合公司章程、股东协议及实际情况选择合适路径。以下分情况说明：
1. 通过公司内部治理机制解决
- 召开股东会/董事会：若公司章程或股东协议赋予大股东召集股东会/董事会的权利，可依法召集会议，通过决议重新明确公章管理规则（如指定专人保管、限制法人单方使用权限等）。
法律依据：根据《公司法》第39条、第47条，股东会/董事会职权包括决定公司经营方针、管理机构设置等，公章管理属于公司内部治理范畴。
- 修改公司章程：若法人滥用公章损害公司利益，大股东可提议修改章程，增加对公章使用的监督条款（如需双签、备案等），并经代表三分之二以上表决权的股东通过。
注意：修改章程需严格履行法定程序，否则可能被认定无效。
2. 通过法律途径主张权利
- 申请行为保全：若法人控制公章实施损害公司或股东利益的行为（如伪造合同、擅自担保），大股东可代表公司向法院申请行为保全，要求法人停止使用公章并交还。
法律依据：根据《民事诉讼法》第103条，法院可裁定禁止被申请人实施特定行为。
- 提起股东代表诉讼：若法人利用公章损害公司利益且公司怠于追责，大股东可以自己名义直接起诉法人，要求赔偿公司损失。
条件：需满足“连续180日以上单独或合计持有公司1%以上股份”的资格要求（《公司法》第151条）。
- 确认公章使用无效：若法人使用公章签订的合同明显损害公司利益（如低价转让资产），大股东可向法院起诉确认合同无效，并要求法人承担赔偿责任。
3. 通过行政或刑事手段干预
- 向公安机关报案：若法人涉嫌伪造公司印章（如私刻公章、冒用公章），大股东可向公安机关报案，追究其刑事责任（《刑法》第280条）。
- 向市场监管部门投诉：若法人利用公章擅自变更公司登记（如修改经营范围、股东信息），大股东可向市场监管部门申请撤销变更登记，并要求处罚相关责任人。
4. 预防性措施：完善公章管理制度
- 建立公章使用登记制度：要求每次使用公章均需登记用途、审批人、经办人等信息，并留存复印件备查。
- 实行“双签制”：规定重要文件（如合同、担保协议）需法定代表人+财务负责人或大股东代表共同签字方能生效。
- 将公章交第三方托管：通过股东会决议将公章交由律师事务所、会计师事务所等第三方机构托管，明确使用条件和审批流程。
行动建议：
- 优先通过内部治理机制协商解决，降低冲突成本；
- 若协商无果，及时收集证据（如公章使用记录、法人滥用公章的合同等）并启动法律程序；
- 涉及刑事犯罪时，务必第一时间报案以固定证据。
如有具体案件细节（如公司类型、章程条款、法人行为模式等），可进一步向我说明，我将结合实际情况提供更精准的方案。