结论：在军婚函调表中女方领导签字自己写了“同意”且已经领证的情况下，一般不会因此受到处罚，但这一行为可能涉及程序瑕疵或诚信问题，具体需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、军婚函调表的性质与目的
军婚函调表是军队在审批军人婚姻时，为了解军人配偶的政治、经济、社会等情况而要求填写的一种表格。其目的在于确保军人婚姻的稳定性和合法性，以及维护军队的良好形象。因此，函调表的内容应当真实、准确，反映实际情况。
二、女方领导签字自己写“同意”的法律后果
程序瑕疵：
- 如果女方领导并未实际审核或了解相关情况，就自行填写“同意”，这可能构成程序上的瑕疵。然而，这种瑕疵并不直接导致法律上的处罚，除非因此导致了严重的后果或损害了他人利益。
- 在军婚审批过程中，如果相关部门发现了这一程序瑕疵，可能会要求补充材料或进行进一步调查，但一般不会因此直接否定婚姻的合法性。
诚信问题：
- 女方领导自行填写“同意”可能涉及诚信问题。如果这一行为被揭露，可能会对女方领导的个人声誉和职业形象造成负面影响。
- 在极端情况下，如果这一行为被认定为欺诈或伪造公文等违法行为，可能会面临法律责任。但这种情况较为罕见，且需要具体证据支持。
对婚姻的影响：
- 军婚的合法性主要取决于是否符合法定条件，如双方自愿、达到法定婚龄、无禁止结婚的情形等。函调表上的签字只是审批过程中的一个环节，并非决定婚姻合法性的唯一因素。
- 因此，即使女方领导自行填写了“同意”，只要婚姻本身符合法定条件，且已经依法登记，那么婚姻的合法性通常不会受到影响。
三、建议与注意事项
如实填写函调表：
- 为了避免不必要的麻烦和风险，建议女方领导在填写函调表时如实反映情况，不要自行填写或伪造信息。
遵守法律法规：
- 在处理军婚相关事务时，应严格遵守国家法律法规和军队的相关规定，确保程序的合法性和合规性。
咨询专业人士：
- 如果对军婚函调表的填写或审批过程有任何疑问或担忧，建议咨询专业律师或军队相关部门的工作人员，以获取准确和可靠的指导。
最后，虽然女方领导自行填写“同意”在军婚函调表中可能不会直接导致法律处罚，但这一行为可能涉及程序瑕疵和诚信问题。因此，建议在实际操作中如实填写相关信息，并遵守相关法律法规和规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。