农业银行商户e贷到期两天还进去，通常情况下算逾期。以下从不同角度为你详细分析：

1. 合同约定角度：在农业银行商户e贷的借款合同中，一般会明确规定还款的具体日期和还款方式。还款到期日是借款人必须履行还款义务的截止时间点。如果合同中没有特别约定宽限期（宽限期是指在还款日之后的一段时间内还款，不算逾期），那么只要超过还款到期日还款，就属于未按照合同约定履行还款义务，构成逾期。例如，合同约定还款日为每月5日，那么6日还款就超出了合同约定的还款时间，属于逾期还款。
2. 银行实际操作角度：即使合同中没有明确提及宽限期，银行在实际操作中可能会有一定的容错机制，但这种情况并不普遍且不具有确定性。有些银行可能会考虑到一些特殊情况，如系统故障、银行转账延迟等，对于逾期时间较短（如1 - 3天）的还款，暂时不将其记录为逾期，但这需要借款人主动与银行沟通说明情况，并且银行有最终的决定权。不过，农业银行对于商户e贷是否有这样的实际操作容错，不能一概而论，需要具体咨询银行客服或查看贷款合同中的相关条款。
3. 信用记录影响角度：一旦被认定为逾期还款，即使逾期时间只有两天，也可能会对借款人的信用记录产生负面影响。银行通常会将逾期还款信息上报至中国人民银行征信系统，这会在借款人的个人信用报告中留下不良记录。该不良记录可能会影响借款人今后在其他金融机构申请贷款、信用卡等业务，金融机构在审核时会参考借款人的信用记录，若有逾期记录，可能会降低贷款额度、提高贷款利率甚至拒绝贷款申请。

建议：为了避免不必要的麻烦和信用风险，建议你尽量在还款到期日前将款项足额存入还款账户。如果确实因为特殊原因无法按时还款，应及时与农业银行客服取得联系，说明情况并寻求解决方案，看是否可以协商延期还款或采取其他补救措施。如果你在贷款过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。