如果软件著作权登记时提交的代码与实际不符，可能会面临以下几种后果：
著作权登记可能被撤销或无效：
- 软件著作权登记是基于提交的代码和其他相关材料进行的。如果发现登记时提交的代码与实际不符，这可能构成登记时的虚假陈述或隐瞒重要事实。根据相关法律法规，著作权登记机构有权撤销或宣告该登记无效。
面临法律纠纷和诉讼风险：
- 如果软件著作权登记被撤销或无效，那么基于该登记所享有的权利也将受到影响。这可能导致软件开发者或持有者面临来自其他方的法律纠纷，如侵权诉讼、合同纠纷等。在诉讼中，如果无法证明实际代码的归属和权利，可能会承担不利的法律后果。
影响商业信誉和市场竞争力：
- 软件著作权登记是软件开发者或持有者的重要资产之一，也是其商业信誉和市场竞争力的重要体现。如果登记时提交的代码与实际不符，一旦被发现，将严重损害软件开发者或持有者的商业信誉，降低其在市场上的竞争力。
可能面临行政处罚：
- 在某些情况下，如果软件著作权登记时的虚假陈述或隐瞒重要事实行为被认定为违法，软件开发者或持有者还可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
针对以上后果，我给出以下建议：
- 确保代码与登记材料一致：在申请软件著作权登记时，务必确保提交的代码与实际使用的代码完全一致。这可以通过仔细核对代码、保留完整的开发记录等方式来实现。
- 及时更新登记信息：如果软件在后续开发过程中发生了重大变更，如代码的完全重写或部分修改，应及时更新软件著作权登记信息，以确保登记信息的准确性和有效性。
- 加强内部管理：软件开发者或持有者应加强内部管理，建立完善的代码管理制度和著作权登记管理制度，确保代码的完整性和登记信息的准确性。
如果已经发生了代码与登记不符的情况，应尽快采取以下措施：
- 主动更正登记信息：如果发现登记信息有误，应尽快向著作权登记机构申请更正，以避免可能的法律纠纷和诉讼风险。
- 保留相关证据：在更正登记信息的同时，应保留好与实际代码相关的所有证据，如开发记录、测试报告等，以备不时之需。
如有任何关于软件著作权登记或代码管理的疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。