结论：甲方承包乙方土地后被高速征用，甲方获得二包地的青苗费是否合法，需根据具体情况判断，若甲方实际种植了青苗且符合补偿规定，则合法；若未种植或不符合规定，则不合法。以下从不同角度详细分析：

一、青苗费补偿的基本原则

根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，土地被征收时，对于地上附着物（包括青苗）的补偿，应遵循“谁种植、谁受益”的原则。这意味着，青苗费的补偿对象通常是实际种植青苗的人。

二、甲方获得青苗费的合法性分析

1. 甲方实际种植青苗：

   • 如果甲方在承包乙方土地后，实际进行了耕种并种植了青苗，且这些青苗在土地被征收时仍然存在，那么甲方作为实际种植者，有权获得相应的青苗费补偿。
   • 在这种情况下，甲方获得青苗费是合法的，因为这符合“谁种植、谁受益”的补偿原则。

2. 甲方未实际种植青苗或青苗已不存在：

   • 如果甲方在承包土地后并未实际种植青苗，或者虽然种植了但青苗在土地被征收前已经因各种原因（如自然灾害、病虫害等）不存在了，那么甲方无权获得青苗费补偿。
   • 同样，如果乙方在土地被征收前已经收回了土地并自行种植了青苗，或者与第三方达成了青苗种植和补偿的协议，那么甲方也无权获得青苗费。
   • 在这些情况下，甲方获得青苗费是不合法的，因为这违反了“谁种植、谁受益”的补偿原则。

三、特殊情况下的处理

• 承包合同约定：如果甲方与乙方在承包合同中明确约定了土地被征收时青苗费的归属问题，那么应按照合同约定执行。但需要注意的是，合同约定不得违反法律法规的强制性规定。
• 第三方权益：如果土地被征收时，除了甲方和乙方外，还存在其他与青苗种植相关的第三方权益（如青苗的购买者、租赁者等），那么青苗费的分配可能需要考虑这些第三方的权益。

四、法律建议

• 核实种植情况：在土地被征收前，甲方应核实自己是否实际种植了青苗，并保留好相关证据（如种植记录、照片等）。
• 审查承包合同：甲方应仔细审查与乙方签订的承包合同，了解合同中关于土地被征收时青苗费归属的约定。
• 协商与诉讼：如果甲方认为自己有权获得青苗费但乙方或相关部门拒绝支付，甲方可以与乙方或相关部门进行协商；协商不成的，甲方可以向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

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