小产权房买卖合同无效的情况下，法院是会受理相关纠纷的，但具体受理情况需根据纠纷的性质和内容来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法院受理的基本原则
符合立案条件即受理：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，只要当事人的起诉满足原告适格、被告明确、诉讼请求具体且有事实理由、属于法院民事诉讼范围和管辖等条件，法院就应当受理相关案件。小产权房买卖合同纠纷，只要符合这些条件，法院原则上会予以受理。
区分一般情况与特殊情况：
- 一般而言，由于小产权房违反土地管理等相关法律法规，其买卖合同不受法律保护，但这并不意味着法院不会受理此类纠纷。在特定情况下，如合同已实际履行、涉及物权确认或相邻关系、存在欺诈胁迫等违法行为时，法院会根据具体情况进行审查和处理。
二、法院可能受理的情况
房屋交付、腾退等衍生纠纷：
- 当买卖双方在小产权房交易后，围绕房屋的交付、占有、腾退等与房屋实际使用相关的问题产生纠纷时，法院可能会受理并进行审理。例如，卖家拒绝交付房屋或买家发现房屋存在严重质量问题等情况。
拆迁补偿权益纠纷：
- 当小产权房面临拆迁，买卖双方就拆迁补偿款的归属等问题产生纠纷时，法院也可能受理。法院会根据实际情况，结合双方的约定、房屋实际使用情况等因素，对拆迁补偿权益纠纷作出裁决。
相邻关系纠纷：
- 如果小产权房的业主与相邻方因通行、采光等问题产生争议，法院可能会依据相关法律规定进行调解或裁决。
涉及违法行为的处理：
- 在房屋买卖过程中，如果一方存在欺诈、胁迫等违法行为，导致另一方受到损失，受损方可以就其损失部分向法院提起诉讼，要求对方承担赔偿责任。这是对违法行为所导致的后果进行的处理，法院会予以受理。
三、合同无效的法律后果及法院处理
合同无效的可能性：
- 小产权房因未办理相关证件、未缴纳土地出让金等费用，其产权证非由国家房管部门颁发，违反了相关法律法规的强制性规定。因此，小产权房买卖合同很可能被认定无效。
法院对无效合同的处理：
- 如果合同被认定无效，法院会根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，对因合同无效而产生的损失进行分配。这通常涉及返还财产、赔偿损失等民事责任的处理。
四、建议与注意事项
审慎购买小产权房：
- 小产权房无正式房产证书，交易存在诸多风险。民众在购买前应充分了解法律规定和自身权益，避免盲目投资。
明确合同条款：
- 在签订小产权房买卖合同时，应确认房主真实身份，明确双方违约责任，标明付款过户时间，注明费用交接时间，并使用补充协议来完善合同内容。尽管合同可能无效，但明确的条款有助于在纠纷发生时明确双方的责任。
依法维权：
- 在遇到纠纷时，当事人应依法维护自己的权益。若合同被认定无效或出现其他违法行为导致损失，可向法院提起诉讼要求赔偿。
总结来说，小产权房买卖合同无效的情况下，法院是会受理相关纠纷的，但具体受理情况需根据纠纷的性质和内容来判断。当事人在处理此类问题时，应充分了解法律规定和自身权益，审慎行事，并在必要时寻求专业法律帮助以维护自己的合法权益。如果你有小产权房买卖合同纠纷或其他相关法律问题，可以直接向我咨询。