结论：区间测速路段内，若区间平均速度未超速但终点瞬时速度超速，是否会被处罚及扣分，需根据当地交通管理规定及具体超速情况综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、区间测速与定点测速的判定逻辑

1. 区间测速：通过计算车辆通过两个监测点之间的平均速度来判断是否超速。若区间平均速度未超过限速标准，即使终点瞬时速度超标，在仅依赖区间测速设备的地区，通常不会被认定为超速。

2. 定点测速：若终点处设置了独立的测速设备（如雷达测速仪），且抓拍到车辆瞬时速度超速，则可能被单独处罚，与区间平均速度无关。

二、不同地区的处理差异

1. 主要依据区间平均速度的地区：
   若当地交通管理部门仅以区间平均速度作为超速判定依据，且区间内未超速，则终点瞬时超速一般不会被处罚。例如，部分城市明确规定“区间测速路段内，仅对平均速度超速行为进行处罚”。

2. 兼顾瞬时速度的地区：
   若当地规定“区间测速路段内，既检查平均速度，也检查终点瞬时速度”，则终点超速可能面临处罚。例如：

   • 超速未达10%：通常警告，不扣分罚款；
   • 超速10%-20%：扣3分，罚款200元（高速公路/城市快速路）或警告（普通道路）；
   • 超速20%-50%：扣6分，罚款200-2000元；
   • 超速50%以上：扣12分，罚款500-2000元，可吊销驾照。

三、法律后果与处理流程

1. 处罚依据：
   根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》及地方实施细则，超速行为需承担罚款、扣分等责任。具体处罚标准以当地规定为准。

2. 处理流程：

   • 通知：违法行为发生后3-15个工作日内，车主会收到短信或“交管12123”APP通知；
   • 确认：登录APP或平台查看违法记录、测速照片/视频；
   • 处理：
     • 线上：通过“交管12123”APP缴纳罚款（适用于罚款≤200元、扣分≤6分）；
     • 线下：携带驾驶证、行驶证、身份证到交警大队处理，领取处罚决定书后到银行缴费。

四、异议处理与建议

1. 申请复议或诉讼：
   若对处罚有异议，可在收到决定书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。需提供行车记录仪视频、路况证明等证据。

2. 驾驶建议：

   • 严格遵守限速：区间测速路段内，既控制平均速度，也避免终点冲刺；
   • 关注测速设备标识：若终点有“测速”标志，提前减速；
   • 定期查询违法记录：通过“交管12123”APP及时了解车辆状态。

总结：区间测速终点超速是否处罚，需结合当地规定和测速设备配置判断。为避免风险，建议始终保持合理车速，确保行车安全。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体地区的处理规则。