占用基本农田搞养殖并非统一按照每平方米罚款1000元的标准处罚，具体罚款金额需结合违法情节、占用面积、土地破坏程度及地方性法规综合判定。以下从法律框架、处罚依据、裁量因素三个维度展开分析：

1. 法律框架：基本农田保护是核心原则

根据《土地管理法》第三十五条及《基本农田保护条例》第十七条，基本农田经依法划定后，任何单位和个人不得擅自占用或改变用途，包括用于养殖场、鱼塘等非农建设。若需占用，必须依法办理农用地转用审批手续，并补划同等数量和质量的基本农田。未履行审批程序即占用，属于违法行为。

2. 处罚依据：罚款需结合违法情节

处罚标准主要依据《土地管理法》第七十七条及《土地管理法实施条例》第五十七条：

• 一般情形：对未经批准占用基本农田的，由县级以上政府自然资源主管部门责令限期改正；逾期不改正的，按占用面积处耕地开垦费（通常为当地耕地年产值的一定倍数，如5-10倍）的罚款。例如，若当地耕地年产值为200元/亩，开垦费为5倍，则罚款标准为1000元/亩（约1.5元/平方米），远低于1000元/平方米。
• 严重情形：若占用基本农田从事非农建设（如建房、挖砂等），或破坏种植条件，罚款标准可能提升至耕地开垦费的10-15倍，即2000-3000元/亩（约3-4.5元/平方米），但仍与1000元/平方米相差甚远。

关键点：1000元/平方米的罚款标准可能源于地方性法规的特别规定（如某些经济发达地区对严重违法行为的加重处罚），或对“破坏基本农田”情节的极端认定（如永久性硬化、污染等），但需以具体地方性法规或行政处罚决定书为准。

3. 裁量因素：罚款金额需综合判定

实践中，罚款金额需考虑以下因素：

• 占用面积：面积越大，罚款总额越高，但单位面积罚款可能因情节轻重浮动。
• 土地破坏程度：若仅临时占用且未破坏耕作层，罚款可能较轻；若导致土地永久性无法耕种，罚款可能加重。
• 主观恶意：明知是基本农田仍故意占用，或通过伪造材料骗取审批，可能面临更高罚款。
• 地方性法规：部分省份（如广东、浙江）可能通过地方立法对基本农田保护设定更严格的处罚标准，需结合当地规定。

4. 实务建议：如何应对此类处罚？

• 核实处罚依据：要求行政机关出具书面处罚决定书，明确引用具体法律条款及罚款计算方式。
• 申请听证或复议：若认为罚款过高或事实认定错误，可在收到处罚决定书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。
• 补办手续或整改：若符合占用条件（如符合乡村振兴政策），可尽快补办审批手续；若已造成破坏，需主动恢复土地原状以减轻处罚。

总结：基本农田保护是法律红线，占用需严格审批。若已发生违法行为，建议优先通过合法途径补救，而非单纯关注罚款金额。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合地方规定及实务经验为您分析。