结论：公司出货慢耽误交期导致门店收不到尾款是否合法，不能一概而论，需结合合同约定、过错程度、不可抗力等因素综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 合同约定优先：若合同明确约定交期及违约责任，则按合同处理

• 若双方签订的买卖合同中明确约定了交货时间、付款条件（如“货到验收后支付尾款”）及违约责任（如“逾期交货每日按合同总额的0.1%支付违约金”），则公司因自身原因（如生产延误、物流问题）导致交期延迟，属于违约行为。
• 门店有权依据合同拒绝支付尾款或要求扣除违约金，甚至可能主张解除合同并要求赔偿损失（如因缺货导致的营业损失）。
• 例外情形：若合同中约定了“宽限期”或“不可抗力免责条款”（如自然灾害、政府行为等），且公司能证明延迟交货系不可抗力导致，则可能免除或部分免除责任。

2. 无明确约定时：需结合过错程度和行业惯例判断

• 若合同未明确约定交期或违约责任，但行业惯例或双方交易习惯中默认“按时交货”为基本义务，则公司仍需承担合理注意义务。
• 门店可主张公司未履行主要义务，要求其承担继续履行（如加急补货）、赔偿损失（如额外采购成本）等责任。但门店直接拒付全部尾款可能被认定为“过度行使抗辩权”，需根据实际损失比例调整。
• 关键点：门店需证明公司存在过错（如未提前通知延迟、未采取补救措施），且自身损失与延迟交货存在直接因果关系。

3. 门店拒付尾款的合法性边界

• 合法情形：若公司延迟交货导致门店合同目的无法实现（如季节性商品错过销售期），门店可依据《民法典》第563条主张解除合同，并拒绝支付尾款及要求赔偿。
• 违法情形：若门店无正当理由拒付尾款（如恶意拖欠、找借口压价），则构成违约，公司可要求其支付货款及逾期利息，甚至通过诉讼或仲裁追偿。

4. 实务建议

• 对公司：
  
  1. 签订合同时明确交期、违约责任及不可抗力条款；
     
  2. 延迟交货时及时通知门店并协商解决方案（如分批交货、补偿）；
     
  3. 保留生产、物流等证据，证明已尽合理努力。
• 对门店：
  
  1. 拒付尾款前核对合同条款及实际损失；
     
  2. 通过书面函件明确拒付理由及要求；
     
  3. 优先协商，协商不成可诉诸法律途径。

总结：合法性取决于合同约定、过错程度及实际损失。建议双方先协商，若无法达成一致，可依据合同条款或法律规定通过诉讼/仲裁解决。如有具体合同或案例细节，可进一步向我咨询。