企业申请破产清算后，债务会按照法定顺序和程序进行处理，核心结论是：债务将通过破产财产分配、优先权行使及剩余债务处理等环节，按法定顺序清偿，未获清偿部分通常依法免除。以下是具体处理方式：

1. 成立清算组并接管企业
   企业进入破产清算程序后，法院会指定清算组（或管理人）接管企业，负责清理企业财产、编制资产负债表、通知债权人申报债权等。清算组的核心职责是确保破产程序依法进行，防止企业资产流失。

2. 债权人申报债权并确认
   债权人需在法院公告的期限内申报债权，清算组会对申报的债权进行审查，并编制债权表。若债权人对债权表有异议，可向法院提起诉讼确认债权。这一步骤是后续债务清偿的基础，确保债权人的权益得到准确认定。

3. 破产财产的变价与分配

   • 破产财产范围：包括企业所有可供清偿的财产，如现金、存货、固定资产、无形资产等，但需扣除已设定担保的财产（如抵押物）和职工工资、社保等优先清偿的债务。
     
   • 分配顺序：根据《企业破产法》第113条，破产财产按以下顺序清偿：
     
     1. 破产费用和共益债务（如清算组报酬、诉讼费用等）；
        
     2. 职工债权（工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金）；
        
     3. 社会保险费用和税款；
        
     4. 普通破产债权（如供应商货款、银行贷款等）。
        
   • 分配原则：同一顺序的债权按比例清偿，若财产不足清偿同一顺序债权，则按比例分配；若前一顺序未获全额清偿，后一顺序无法获得清偿。

4. 担保债权的优先受偿
   若企业财产中包含已设定担保的财产（如抵押物、质押物），担保权人可就该财产优先受偿，剩余部分纳入破产财产分配。例如，银行对企业的抵押贷款，可优先从抵押物变价款中受偿。

5. 剩余债务的处理

   • 普通债权人：若破产财产分配后仍有未获清偿的债务，普通债权人通常无法再追偿，债务依法免除（除非债权人能证明企业存在隐匿、转移财产等行为）。
     
   • 股东责任：若企业为有限责任公司或股份有限公司，股东仅以出资额为限承担责任，破产程序终结后，股东无需以个人财产清偿企业债务。但若股东存在未履行出资义务、抽逃出资等行为，可能需承担补充赔偿责任。

6. 破产程序终结
   破产财产分配完毕后，清算组会向法院提交破产财产分配报告，并申请终结破产程序。法院裁定终结后，企业法人资格注销，债务处理正式结束。

温馨提示：破产清算程序复杂，涉及多方利益平衡，建议企业在申请破产前充分评估财务状况，并与债权人协商债务重组或和解方案，以减少损失。若您是企业主或债权人，对破产清算程序有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案例为您详细解答。