学校让女生打针是否违法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
打针的合法性与必要性：
- 如果学校组织的打针活动是基于公共卫生需求，如接种疫苗以预防传染病，且该活动得到了相关卫生部门的批准和指导，同时遵循了自愿接种的原则（除非法律有特别规定必须接种的疫苗），那么这种行为通常是合法的。
- 如果打针并非出于公共卫生需求，或者未经相关部门批准，或者违反了自愿接种的原则，那么学校的行为可能涉嫌违法。
打针过程中的权益保护：
- 学校在组织打针活动时，应当确保打针过程的安全性和卫生性，避免因操作不当或卫生条件不佳导致学生受到伤害。如果因学校疏忽导致学生受伤，学校可能需要承担相应的法律责任。
- 学校应当尊重学生的知情权，提前告知打针的目的、可能的风险以及替代方案等信息，以便学生或其家长做出明智的决策。如果学校未履行告知义务，可能侵犯学生的知情权。
特殊情况下的法律考量：
- 如果打针活动涉及未成年人，学校应当更加谨慎地处理，确保活动符合未成年人的身心发展特点和利益。例如，对于某些可能对未成年人产生长期影响的医疗行为，学校应当取得未成年人监护人的明确同意。
- 如果学校以强制手段要求学生打针，且该打针行为并非法律规定的必须接种的疫苗，那么学校的行为可能构成对学生人身自由的侵犯，是违法的。
法律建议：
- 如果学生对学校组织的打针活动有疑问或担忧，建议首先与学校沟通，了解打针的具体目的、风险以及替代方案等信息。
- 如果学生认为学校的打针行为侵犯了自己的合法权益，可以向当地的教育部门或卫生部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的权益。
可能法律后果：
- 如果学校的打针行为被认定为违法，学校可能需要承担行政责任（如被罚款、警告等）或民事责任（如赔偿学生因打针受到的损失）。
- 在极端情况下，如果学校的打针行为导致学生严重受伤或死亡，相关责任人还可能面临刑事责任的追究。
总之，学校让女生打针是否违法，需要根据具体情况来判断。如果学生对此有疑问或担忧，建议及时咨询并了解相关法律法规和政策，以便做出明智的决策。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。