部队工程居间人收取居间费是否合法，取决于具体的合同内容和相关法律法规。以下是对这一问题的详细分析：

1. 居间人的法律地位：

   • 居间人，又称“中介人”，是指撮合交易双方达成交易（如买卖、租赁等），并从中获取佣金的人。在部队工程中，如果居间人确实提供了居间服务，并且双方有明确的合同约定，那么其收取居间费在法律上是有依据的。

2. 合同内容的审查：

   • 要判断居间费是否合法，首先需要审查合同内容。合同中应明确约定居间人的服务内容、服务期限、佣金标准、支付方式等关键条款。
   • 如果合同中明确规定了居间人可以收取费用，并且该费用是合理且符合市场标准的，那么居间人收取费用是合法的。

3. 法律法规的遵循：

   • 居间人在收取费用时，必须遵循相关法律法规，如《中华人民共和国民法典》等。这些法律对合同的成立、生效、履行等方面都有明确规定。
   • 如果居间人在收取费用的过程中存在欺诈、胁迫等违法行为，或者费用标准不合理，那么将可能面临法律责任。

4. 特殊情况的处理：

   • 在某些特殊情况下，如涉及国家秘密、军事机密等敏感信息的部队工程，居间人的活动可能受到更严格的法律限制。在这种情况下，居间人需要特别注意遵守相关法律法规，并确保其活动不违反国家安全和军事利益。

综上所述，部队工程居间人收取居间费是否合法，需要综合考虑合同内容、法律法规以及特殊情况等因素。如果居间人确实提供了合法的居间服务，并且双方有明确的合同约定，那么其收取居间费在法律上是有依据的。但如果有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取更准确的法律意见。