虚开普通发票15万元、数量55份且存在已抵扣情形，已达到刑事立案标准，公安机关应当立案侦查。以下是具体分析：

1. 立案标准依据
   根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）的补充规定》第二条，虚开发票案的立案标准为：

   • 虚开发票金额累计在40万元以上，或
     
   • 虚开发票100份以上，或
     
   • 5年内因虚开发票受过刑事处罚或二次以上行政处罚，又虚开发票的。
     虽本案金额（15万元）和份数（55份）未单独达到上述标准，但若存在“已抵扣”情形，可能被认定为“情节严重”，从而触发立案。

2. “已抵扣”的定性影响
   普通发票虽不能直接用于增值税抵扣，但若虚开的发票被用于企业所得税税前扣除、成本列支等，导致国家税款流失，可能构成《刑法》第二百零五条之一规定的虚开发票罪。

   • 若抵扣行为造成国家税款损失达5万元以上，即符合“情节严重”标准，需追究刑事责任。
     
   • 实践中，公安机关可能结合发票金额、份数、抵扣税款数额、行为动机（如骗取财政补贴、逃避监管）等综合判断是否立案。

3. 法律后果与程序

   • 刑事责任：若立案，可能面临二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
     
   • 行政处罚：即使未达刑事标准，税务机关也可依据《发票管理办法》处50万元以下罚款，并没收违法所得。
     
   • 程序流程：公安机关受理报案后，将开展初查（如调取发票数据、银行流水、合同等），若认为有犯罪事实，会正式立案并展开侦查。

4. 建议行动方向

   • 主动配合调查：若已接到税务或公安通知，应如实说明情况，避免逃避或伪造证据。
     
   • 补缴税款与罚款：尽快补缴已抵扣税款及滞纳金，争取从轻处理（如不构成犯罪时减轻行政处罚）。
     
   • 法律辩护：若已被立案，可委托律师分析发票流向、抵扣合理性等，争取不构成犯罪或缓刑等从宽情节。

提示：虚开发票行为风险极高，即使普通发票也可能因抵扣、骗税等目的触犯刑法。如有进一步细节（如发票流向、抵扣用途等），可向我补充说明，以便更精准分析。