结论前置：股东入股的资金打入法人个人账户，在大多数情况下是违法的，但也存在特殊情况下的合法性。具体是否违法，需根据资金的实际用途、是否有合法协议或委托，以及是否能清晰区分个人与公司财产等因素来判断。
一般情况下的违法性分析
挪用资金风险：
- 根据《中华人民共和国公司法》，公司是独立的法人实体，拥有独立的法人财产权。股东入股的资金应当存入公司银行专户，用于公司的经营与发展。若股东将入股资金私自挪作他用（如个人投资、消费等），则可能构成挪用资金行为，甚至触犯刑法中的挪用资金罪。
虚假出资风险：
- 资金未入公司账户可能导致公司验资、登记程序受阻，影响公司的合法运营。在法律上，这可能被视为虚假出资，严重者将受到刑事处罚。
税务风险：
- 资金流向不明可能导致税务监管困难，增加税务违规风险，如偷税漏税。一旦被发现，公司将面临税务处罚，包括罚款、滞纳金等。
财务混乱风险：
- 个人账户处理公司资金会导致公司财务账目不清，影响公司的财务管理、审计及未来融资、上市等活动。这可能给公司带来严重的经济损失和声誉损害。
特殊情况下的合法性分析
合理委托或协议安排：
- 若全体股东一致同意，并有书面委托协议或其他合法有效文件明确约定资金先打入个人账户再转入公司账户，且此操作未损害公司及其他股东的利益，那么这种操作可能是合法的。但需严格遵循程序和提供证据支持，以证明资金的合法性和用途的合规性。
一人有限责任公司：
- 在一人公司中，若股东能够清晰区分个人与公司财产，保证公司财产的独立性，并依法进行财务核算和税务申报，那么此类操作一般不违法。但若无法区分个人与公司财产，股东则需对公司债务承担连带责任。
其他考虑因素与建议
- 税务合规性：无论资金是否打入个人账户，公司都应确保所有收入如实申报纳税，避免偷税漏税风险。这是公司合法运营的基本要求，也是避免法律纠纷的重要措施。
- 财务管理规定：即使某些情况下不直接违法，使用个人账户处理公司资金也不符合财务和税收管理规定。这可能导致监管困难和公司财务混乱，进而影响公司的长期发展和股东利益。
- 建议：为确保合规性，公司在处理股东入股事宜时，应严格遵守相关法律法规和公司章程规定，确保资金合法、安全地进入公司账户。同时，建议公司建立完善的财务管理制度，加强内部控制和审计监督，以防范潜在的法律风险和财务风险。
总结：股东入股的资金打入法人个人账户是否违法，需根据具体情况来判断。在大多数情况下，这种操作是违法的，并可能带来严重的法律后果。因此，建议公司在处理此类事宜时务必谨慎，并咨询专业律师以确保合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。