在夫妻双方分居三年的情况下，以下证据可以用于证明分居事实：
分居协议
- 描述：这是最直接、最有力的证据。如果夫妻双方在分居前或分居期间签订了分居协议，明确约定了分居的起始时间、地点、双方的权利义务等细节，那么这份协议将极具证明力。
- 示例：协议中可以写明“自XXXX年XX月XX日起，双方开始分居生活，各自承担生活费用，互不干涉对方生活”。
房屋相关证据
- 租房合同：如果一方在外租房居住，那么租房合同就是证明其居住情况的重要证据。合同中应明确租赁期限、租金支付方式等关键信息。
- 房产证及水电费缴纳记录：如果夫妻双方各自拥有房产并分别居住，那么房产证和水电费、物业费等缴纳记录可以进一步证明分居事实。这些记录应显示双方各自独立缴纳费用，且居住地址不同。
居住相关证明
- 居委会或物业证明：居委会或物业出具的证明可以证实夫妻在某段时间内分别居住在不同房屋的情况。这些证明应详细描述双方的居住地址、居住时间等信息。
- 邻居证言：邻居作为目击者，可以证明夫妻双方分开居住、日常生活独立。但需要注意的是，邻居证言应与其他证据结合使用，以提高可信度。
沟通记录证据
- 聊天记录（微信、短信等）：涉及分居内容的聊天记录可以作为证据。例如，一方在微信中对另一方表示已在外面租好房子，开始分居，这样的聊天记录就具有证明力。
- 电子邮件：如果双方通过电子邮件沟通分居事宜，那么邮件内容也可以反映双方对分居的态度和实际情况。
其他相关证据
- 单位证明：如果因工作原因长期在外地出差、驻派等，导致夫妻分居，那么单位出具的证明可以作为辅助证据。
- 报警记录或法院诉讼记录：如果因分居导致双方发生纠纷并报警或提起诉讼，那么相关的报警记录或法院诉讼记录也可以作为证据。
- 亲朋好友的证人证言：虽然亲朋好友的证人证言可以作为辅助证据，但需注意其可信度问题。建议与其他证据结合使用，以形成完整的证据链。
在收集和使用这些证据时，需要注意以下几点：
- 确保真实性、合法性和关联性：所有证据必须真实可靠，来源合法，且与分居事实直接相关。不得伪造或篡改证据，否则将承担法律责任。
- 形成完整证据链：尽量收集多种类型的证据，相互印证，形成完整的证据链。这样不仅可以提高证据的证明力，还可以避免因单一证据不足而导致的败诉风险。
- 保护个人隐私和合法权益：在收集证据过程中，不得侵犯他人的合法权益。例如，不得非法侵入他人住宅、窃听他人通话等。
如果夫妻双方因分居而准备离婚或处理财产纠纷等问题，建议及时咨询专业律师（即我本人，魏修立律师），以便根据具体情况制定合适的法律策略。在处理这类问题时，法律策略的制定至关重要，它将直接影响到案件的走向和结果。因此，有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。