结论：过了三年诉讼期，综治中心调解协议本身并不因诉讼时效的经过而当然无效，但其执行力可能受到影响；司法确认后的调解协议具有强制执行力，但同样不意味着“永久有效”，其效力受法律规定的限制。
关于综治中心调解协议的效力
调解协议的性质：
- 综治中心调解协议是双方当事人在调解组织的主持下，就争议事项达成的和解协议。它本质上是一种民事合同，具有合同的一般属性。
诉讼时效的影响：
- 诉讼时效是法律规定的请求法院保护民事权利的时间限制。对于一般的民事权利，诉讼时效期间通常为三年。
- 过了三年诉讼期，并不意味着调解协议本身无效。调解协议一旦达成，即对双方当事人具有法律约束力，除非存在法定无效情形（如欺诈、胁迫、显失公平等）。
- 但是，如果一方当事人在诉讼时效期间内未行使请求权，且对方提出诉讼时效抗辩，那么法院可能不再支持其请求。这主要影响的是调解协议的执行力，而非其本身的效力。
调解协议的执行：
- 如果一方当事人不履行调解协议，另一方当事人可以向法院申请强制执行。但如前所述，如果超过了诉讼时效期间，且对方提出抗辩，法院可能不会支持强制执行申请。
关于司法确认的效力
司法确认的定义：
- 司法确认是指法院对调解协议进行审查，确认其合法有效，并赋予其强制执行力的法律程序。
司法确认后的效力：
- 经过司法确认的调解协议，具有与法院判决同等的法律效力，即具有强制执行力。
- 这并不意味着司法确认后的调解协议“永久有效”。其效力仍然受到法律规定的限制，如如果调解协议的内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者损害国家、集体、第三人的利益，那么法院可能会撤销或不予确认该调解协议。
- 此外，即使调解协议经过了司法确认，如果一方当事人在执行过程中提出异议，或者发现调解协议存在法定无效情形，法院仍然可以裁定不予执行或撤销确认裁定。
建议
- 及时行使权利：为了避免诉讼时效带来的风险，建议当事人在达成调解协议后，及时履行或向法院申请司法确认，以确保调解协议的执行力。
- 保留证据：在达成调解协议的过程中，建议当事人保留好相关证据，如调解记录、签字确认的调解协议等，以备不时之需。
- 咨询专业律师：如果对于调解协议的效力或司法确认程序有疑问，建议及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。