摩托车故意遮挡车牌被扣12分后，你需要按照以下步骤和规定来处理后续事宜：
接受处罚与扣留机动车：
- 一旦因故意遮挡车牌被交警查处，你应按规定时间、地点前往当地交通管理部门接受处罚。记得携带身份证、驾驶证、行驶证等必要证件。
- 公安机关交通管理部门会扣留你的摩托车，并通知你提供相应的牌证、标志或补办相应手续。
缴纳罚款：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条的规定，故意遮挡机动车号牌将面临200元的罚款。这是处罚的一部分，必须按时缴纳，不可逃避。
参加法规学习与考试：
- 在驾驶证被扣留后的15日内，你需要到机动车驾驶证核发地或违法行为地公安机关交通管理部门参加为期7日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。学习方式可能包括集中授课、在线学习等。
- 完成学习后，车辆管理所会在20日内安排道路交通安全法律、法规和相关知识考试（即科目一考试）。考试内容涵盖交通法规、安全文明驾驶等方面。
- 考试合格：记分予以清除，并发还机动车驾驶证，你可以重新获得驾驶资格。
- 考试不合格：需继续参加学习和考试，直到合格为止。
特殊情况处理：
- 如果你认为遮挡车牌并非故意，可以向交警部门提出行政复议。但需注意，提出复议时需提供明确客观的证明，表明遮挡是无意的，否则复议可能不会被受理。
重要提醒与预防措施：
- 故意遮挡车牌是严重的交通违法行为，不仅会影响道路交通的安全与秩序，还会给你带来严重的法律后果。因此，务必严格遵守交通法规，不故意遮挡车牌。
- 日常使用中，要时刻注意保持车牌的清晰可见，避免有意无意地让车牌模糊或损坏。
- 定期检查车牌状况，确保无遮挡、无损坏，以维护自身合法权益和公共安全。
法律背景与依据：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，故意遮挡、污损机动车号牌的行为，公安机关交通管理部门将扣留机动车，并处以扣罚12分及罚款200元的处罚。
- 依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶人若驾驶故意遮挡机动车号牌的机动车上路行驶，将被一次记9分（但需注意，若因遮挡车牌导致更严重的交通违法行为，如肇事逃逸等，记分可能会更高，且会与其他违法行为合并处罚）。不过，在实际执法中，若遮挡车牌行为被认定为严重，且未引发其他严重后果，通常直接按遮挡车牌的处罚标准执行，即扣12分（此处根据最新执法实践及用户问题中的“扣12分”情境进行说明，实际记分可能因地区和具体情况有所差异，但用户问题已明确扣12分，故以此为准）。
后续行动建议：
- 接受处罚后，务必按时参加法规学习和考试，以尽快重新获得驾驶资格。
- 在日常生活中，加强自我约束和管理，预防此类违法行为的发生。
如果你在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将为你提供全面、准确的法律咨询和解答。