电动车被扣罚款1000元是否合理，需结合具体违法情形及地方性法规综合判断，以下分情况说明：

1. 若因未悬挂号牌或未携带行驶证被扣
   根据《道路交通安全法》第八十九条，非机动车驾驶人违反道路通行规定的，处警告或5-50元罚款。但若地方性法规（如《XX省电动自行车管理条例》）明确规定“未登记上牌的电动车不得上路，违者扣车并处500-1000元罚款”，则1000元罚款可能具有合法性。此时需核查：

   • 当地是否有此类细化规定；
     
   • 执法部门是否履行了告知义务（如出示处罚依据条款）。

2. 若因闯红灯、逆行等交通违法被扣
   普通交通违法行为通常适用《道路交通安全法》第八十九条的5-50元罚款标准。若被扣车并罚款1000元，可能涉及：

   • 叠加处罚：如同时存在“驾驶拼装电动车”（依据《道路交通安全法》第一百条，可收缴车辆并强制报废，但未明确罚款上限）；
     
   • 地方性法规升级处罚：部分城市对电动车违法实施“信用惩戒”或“累计记分制”，可能通过地方规章提高罚款额度。

3. 若因车辆被认定为机动车但未取得驾照被扣
   若电动车实际属于机动车范畴（如时速超过25km/h、整车质量超过55kg），但驾驶人未取得摩托车驾照，则可能适用《道路交通安全法》第九十九条“无证驾驶机动车”条款，处200-2000元罚款。此时1000元罚款在法定幅度内，但需满足：

   • 车辆经鉴定属于机动车；
     
   • 执法部门明确告知违法性质及处罚依据。

维权建议：

• 要求执法部门出具《行政处罚决定书》，核对违法事实、法律依据及罚款金额；
  
• 若对处罚有异议，可在60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院起诉；
  
• 重点核查：地方性法规是否与上位法冲突、车辆性质认定是否准确、处罚程序是否合法。
  

如有具体处罚文书或地方规定，可进一步提供细节，我将协助分析合法性。