综合执法在特定情况下有权查封机构。以下是对这一结论的详细解释：

一、法律依据

综合执法部门的权力来源于相关法律法规的明确授权。在不同领域的执法活动中，如市场监管、环保执法等，均有对应的法律条文支持综合执法部门采取查封等措施。例如，在市场监管领域，依据《中华人民共和国产品质量法》，县级以上市场监督管理部门在查处涉嫌违反产品质量法规的行为时，可对有严重质量问题的产品及其生产工具予以查封或扣押。在环保执法方面，根据《环境保护主管部门实施查封、扣押办法》，县级以上环境保护主管部门在符合法定情形时，可对企业事业单位和其他生产经营者的设施、设备实施查封。

二、查封条件与程序

综合执法部门在查封机构时，必须满足以下条件并严格遵循法定程序：

1. 有明确的法律依据：所有查封行为必须有相应的法律法规作为支撑。
2. 有初步证据支持：执法人员需先掌握初步证据证明存在违法行为或可能影响公共利益、安全等情形。
3. 经过审批决定：执法人员需经过部门负责人批准，制作查封决定书和清单，明确载明当事人的信息、查封理由、依据和期限等内容。
4. 遵循实施程序：包括调查取证、告知权利义务、听取陈述申辩、执行查封等步骤。在执行查封时，执法人员需出示执法证件，交付决定书和清单，并在相关物品、场所贴上封条。

三、违反程序的后果

如果综合执法部门在查封过程中违反了法定程序，当事人可以通过申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的权益。行政复议可以向上一级行政机关或法定复议机关提出，行政诉讼则可以向人民法院提起，请求撤销或变更违法的行政行为。

综上所述，综合执法部门在特定情况下查封机构是合法的，但这种权力的行使必须受到法律的严格约束和监督。当事人在面对此类情况时，应了解自己的权利和义务，必要时可以向我咨询以获取专业法律帮助。