结论：在高速上违法占用应急车道被拍了两次，每次都将依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的规定被记6分，因此两次违法总共会被记12分，并可能面临每次200元的罚款。

详细分析：

1. 法律依据与记分规定：

   • 根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十条的规定，驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法占用应急车道行驶的，一次将被记6分。这一规定是明确的，且适用于所有类型的机动车，无论是否为运营车辆。
   • 同时，根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，还将面临警告或者二十元以上二百元以下的罚款。在违法占用应急车道的情况下，通常会被处以200元的罚款。

2. 违法占用的后果：

   • 违法占用应急车道不仅会被记分和罚款，更重要的是，它可能严重阻碍应急救援车辆的通行，从而延误救援时机，造成不可估量的损失。
   • 此外，违法占用应急车道还会扰乱正常交通秩序，增加交通事故的风险，影响高速公路的通行效率。

3. 多次违法的处理：

   • 如果在高速上违法占用应急车道被拍了两次，那么每次违法都将独立处理，即每次都会被记6分，并可能面临200元的罚款。
   • 因此，两次违法总共会被记12分，并可能面临400元的罚款（如果每次都被罚款200元的话）。

4. 特殊情况下的处理建议：

   • 如果在高速公路上确实遇到故障等无法解决的问题，驾驶员应将车停在紧急停靠带内（如果有的话），并立即开启危险报警闪光灯。
   • 同时，在车后方150米处摆放警告标志，以提醒其他车辆注意避让。在夜间、雨、雾等视线不佳的天气条件下，还应同时开启示廓灯、尾灯和后雾灯，以增强车辆的可见性。
   • 所有乘车人员应迅速撤到安全区域内，避免发生二次事故。必要时，应及时拨打高速公路报警电话，请求专业援助。

总结与建议：

• 高速公路上的应急车道是“生命通道”，对于保障道路安全和救援工作的顺利进行具有重要意义。因此，广大驾驶员应严格遵守相关法律法规，非紧急情况下切勿占用应急车道。
• 如果您在高速上违法占用了应急车道并被拍了两次，那么您将面临总共被记12分和可能400元的罚款。为了避免这种情况的发生，建议您在驾驶过程中时刻保持警惕，遵守交通规则。
• 如果您对具体的法律条款或处罚标准有疑问，或者需要进一步的法律帮助和建议，请随时向我咨询。作为专业律师，我将竭诚为您提供专业的法律服务。