在租赁期间发生水灾，赔偿问题需根据具体情况判断，主要涉及租赁合同约定、不可抗力因素及双方过错程度，具体如下：

1. 租赁合同有明确约定
   若租赁合同中已明确约定“水灾等自然灾害的赔偿责任归属”（例如约定由乙方承担维修责任或甲方负责修缮），则直接按合同条款执行。
   法律依据：根据《民法典》第五百零九条，当事人应按约定全面履行义务。合同条款是双方真实意思表示，具有法律效力。

2. 水灾属于不可抗力且无过错方
   若水灾属于不可抗力（如极端暴雨、洪水等自然灾害），且双方均无过错（例如房屋本身无质量问题、乙方未违规使用），则通常由房屋所有权人（甲方）承担修复责任，但乙方需及时通知甲方并配合处理。
   例外情形：若乙方因保管不善（如未关闭门窗导致雨水倒灌）或违规使用房屋（如改动排水管道）导致损失扩大，乙方需承担相应赔偿责任。
   法律依据：根据《民法典》第五百九十条，因不可抗力不能履行合同的，部分或全部免除责任，但法律另有规定的除外。

3. 甲方未履行房屋维护义务
   若水灾因房屋本身存在质量问题（如屋顶漏水、排水系统堵塞）引发，且甲方未尽到维修义务，则甲方需承担赔偿责任。乙方可要求甲方修复房屋或赔偿损失（如财物损毁、临时安置费用）。
   法律依据：根据《民法典》第七百一十二条，出租人应履行租赁物的维修义务，但当事人另有约定的除外。

4. 乙方已购买财产保险
   若乙方为房屋内财物投保了财产保险（如家财险），可向保险公司申请理赔。保险公司赔付后，若水灾责任在甲方，乙方仍可向甲方追偿（需以保险公司未全额赔付为前提）。
   操作建议：乙方应保留水灾现场照片、维修发票、保险理赔记录等证据，以便后续维权。

行动建议：

1. 立即拍照/录像留存水灾现场证据，通知甲方并要求其到场处理；
   
2. 检查租赁合同中关于“自然灾害”“房屋维修”的条款；
   
3. 若协商无果，可向当地居委会/村委会申请调解，或直接向法院起诉（需准备租赁合同、水灾证据、损失清单等材料）。
   

如有进一步细节（如水灾原因、合同条款内容），可向我补充说明，我会为你分析具体责任比例和赔偿方案。