当员工工资已经结清却仍然去申请劳动仲裁时，用人单位应当积极、合理地应对这一情况。以下是对此问题的详细解答：

一、准备证据与如实陈述

1. 准备工资结清证据：

   • 用人单位应收集并整理所有与工资结清相关的证据，如工资发放记录、转账凭证、员工签字确认的工资条或收据等。
   • 这些证据应能够清晰、明确地证明工资已经足额、按时支付给了员工。

2. 仲裁时如实陈述：

   • 在劳动仲裁过程中，用人单位应如实陈述工资结清的情况及依据，包括支付的时间、金额、方式等细节。
   • 如实陈述有助于仲裁机构了解事实真相，作出公正的裁决。

二、应对员工其他主张

1. 答辩与举证：

   • 如果员工在仲裁中提出了其他未结清的劳动权益主张，如加班工资、奖金、补偿金等，用人单位应根据实际情况进行答辩和举证。
   • 用人单位应提供充分的证据来证明这些主张是否成立，如加班记录、奖金发放规定、劳动合同等。

2. 请求驳回不合理请求：

   • 如果用人单位确实不存在其他未支付的合法劳动报酬或损害员工权益的情形，可以依据证据和事实向仲裁委提出请求，要求驳回员工不合理的仲裁请求。

三、了解员工申请仲裁的动机

1. 沟通了解：

   • 在仲裁前或仲裁过程中，用人单位可以尝试与员工进行沟通，了解其申请仲裁的真实动机和诉求。
   • 通过沟通，有时可以化解误会或达成和解，避免不必要的仲裁程序。

2. 分析动机：

   • 员工申请仲裁可能不仅仅是因为工资问题，还可能是对工作环境、待遇、职业发展等方面的不满。
   • 用人单位应全面分析员工的动机，以便更好地应对和解决问题。

四、积极维护自身权益

1. 清晰阐述立场：

   • 在仲裁过程中，用人单位应清晰、有条理地阐述自身立场和观点，确保仲裁机构能够准确理解并作出公正裁决。

2. 依法维护权益：

   • 如果员工的仲裁请求缺乏事实依据或法律依据，用人单位应依法维护自身权益，请求仲裁委驳回其请求。

五、注意事项

1. 时效问题：

   • 用人单位应注意劳动仲裁的时效问题，确保在规定的时效期内提出答辩和举证。

2. 程序合规：

   • 用人单位应遵守劳动仲裁的程序规定，如按时提交答辩材料、参加庭审等。

综上所述，当员工工资已经结清却仍然去申请劳动仲裁时，用人单位应积极应对、准备证据、如实陈述、应对员工其他主张，并了解员工申请仲裁的动机。同时，用人单位还应积极维护自身权益，注意时效问题和程序合规性。