关于合作协议是否需要盖骑缝章的问题，这并非一个具有绝对答案的问题，而是取决于具体的合作场景、协议内容以及双方或多方的约定。不过，我可以从骑缝章的作用和常见应用场景出发，为您详细解释。
骑缝章的作用：
骑缝章，顾名思义，就是盖章时要压到边缝，确保每一页都有章的印记。它的主要作用是防止文件在传递或保存过程中被篡改或替换，增加文件的真实性和完整性。在合作协议中，骑缝章可以作为一种额外的安全措施，确保协议内容的完整性和未被篡改。
常见应用场景：
重要文件或合同：对于涉及重大利益、法律责任或商业秘密的合作协议，双方可能会选择加盖骑缝章以增加文件的可信度。
多页文件：当合作协议内容较多，需要多页纸张来承载时，加盖骑缝章可以确保每一页都是协议的一部分，防止某页被单独替换或遗漏。
特定行业或地区要求：在某些行业或地区，可能存在特定的规定或习惯，要求合作协议必须加盖骑缝章。例如，在您提供的参考信息中，深圳市科技创新委员会在受理科技型中小微企业贷款贴息贴保项目合作银行申请时，就明确要求所有材料每份第一页加盖单位公章，2页以上加盖骑缝章。
是否需要盖骑缝章的建议：
查看协议条款：首先，您可以查看合作协议中是否有关于加盖骑缝章的具体条款或约定。如果有，那么按照协议执行即可。
双方协商：如果协议中没有明确规定，您可以与合作伙伴进行协商，根据协议的重要性和双方的需求来决定是否加盖骑缝章。
参考行业惯例：您还可以参考所在行业或地区的惯例，了解其他类似合作协议是否通常加盖骑缝章，以此作为决策的参考。
咨询专业人士：如果您对是否需要加盖骑缝章存在疑虑，可以咨询法律或商务专业人士的意见，以确保您的决策符合法律和商业规范。
综上所述，合作协议是否需要盖骑缝章并没有一个固定的答案，而是需要根据具体情况来决定。希望我的解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。